Bên cạnh những kết quả đạt được trong giai đoạn 2009- 06/2014, hoạt động phát triển đại lý quốc tế của ngành logisitcs Việ Nam là rất phức tạp, đang trong quá trình hoàn thiện phát triển không tránh khỏi những mặt hạn chế, cần từng bước khắc phục để ngành có thể thành công hơn trong tương lai.
Thứ nhất, hệ thống dịch vụ giao nhận vận tải của ngành logisitcs Việt Nam vẫn còn đơn điệu, tổ chức hoạt động thu gom hàng, gửi hàng ở quy mô nhỏ, chưa định hướng theo nhu cầu khách hàng và nặng về các dịch vụ truyền thống, vì vậy chất lượng dịch vụ quốc tế chưa cao, giá thành tương đối cao so với đối thủ cạnh tranh, đặc biệt là các công ty TNHH. Điều này sẽ hạn chế sự phát triển của các dịch vụ khác và các hoạt động quan hệ hợp tác quốc tế của Ngành.
Thứ hai, kế hoạch nhằm duy trì và củng cố quan hệ hợp tác với mạng lưới đại lý vận tải quốc tế của ngành logistics Việt Nam còn hạn chế. Tồn tại này có thể xuất phát từ Ngành chưa có định hướng rõ ràng, cũng có thể hiểu do Công ty chưa đề ra các chiến lược cụ thể để duy trì sự hợp tác dẫn đến quan hệ đại lý có thể bị phá vỡ bất kỳ lúc nào nếu nền kinh tế biến động và có những rủi ro hệ thống xảy ra. Như vậy, vấn đề thiết lập quan hệ đại lý đặt ra nhu cầu phải tính đến sự hợp tác lâu dài.
Thứ ba, giao nhận vận tải quốc tế còn lệ thuộc nhiều vào các hãng hàng không, hãng tàu về chất lượng dịch vụ, giá, lịch trình, và thời gian giao hàng. Giá cước cao dẫn đến khả năng cạnh tranh với các công ty trong nước và nước ngoài kém
đào tạo nguồn nhân lực. Mô hình tổ chức hiện nay chưa hợp lý, cồng kềnh, mới chỉ thực hiện chức năng quản lý, chưa đạt được mục tiêu phát triển đại lý vận tải quốc tế nâng cao hiệu quả kinh doanh. Sự phối hợp giữa các phòng quản lý và các phòng kinh doanh cũng kém hiệu quả. Vì vậy, về lâu dài mô hình tổ chức trên chưa phù hợp để xây dựng một kế hoạch chiến lược phát triển đại lý vận tải quốc tế. Trụ sở và các chi nhánh cần có mối liên kết để mang lại hiệu quả hoạt động cao hơn.