Chăn nuơi trên địa bàn tỉnh cịn nhỏ lẻ chưa đảm bảo các điều kiện chăn nuơi an tồn sinh học, vệ sinh thú y, vệ sinh mơi trường...; Ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất chăn nuơi cịn chậm, chưa đồng bộ.
Liên kết sản xuất chăn nuơi cịn rời rạc, sản xuất theo chuỗi mới hình thành song quy mơ cịn nhỏ; năng lực ứng dụng nơng nghiệp cơng nghệ cao chưa nhiều; thị trường tiêu thụ sản phẩm chăn nuơi khơng ổn định.
Một số hợp tác xã, người chăn nuơi cịn tư tưởng trơng chờ vào sự hỗ trợ của các chương trình, dự án và chính sách của nhà nước nên chưa chủ động trong việc đổi mới phương thức sản xuất, định hướng sản xuất lâu dài. Nguồn vốn đầu tư vào chăn nuơi cịn hạn chế, trong khi khả năng huy động nguồn lực trong dân khơng nhiều.
Người chăn nuơi vẫn cịn chủ quan lơ là trong cơng tác phịng chống dịch bệnh cho đàn gia súc, gia cầm, cơng tác cải tạo giống cịn hạn chế, chưa kiểm sốt được chất lượng con giống.
Một số dịch bệnh như lở mồm long mĩng, dịch tả lợn Châu Phi, viêm da nổi cục trên trâu bị... vẫn cịn tồn tại, cĩ nguy cơ bùng phát xảy ra trong các hộ chăn nuơi nhỏ lẻ, do chăn nuơi chưa đáp ứng các điều kiện đảm bảo an tồn sinh học, đặc biệt là một số bệnh truyền nhiễm trên động vật hiện nay chưa cĩ vắc xin phịng bệnh và thuốc điều trị; một số dịch bệnh nguy hiểm truyền lây từ động vật sang người chưa được ngăn chặn đẩy lùi, khống chế.
Nguồn nhân lực quản lý nhà nước chuyên ngành về Chăn nuơi & Thú y cịn thiếu nên một số nhiệm vụ trong cơng tác quản lý phịng chống dịch bệnh ở cơ sở chưa được kịp thời..., các hoạt động kiểm sốt giết mổ động vật, kiểm tra điều kiện vệ sinh thú y sản phẩm động vật lưu thơng tại địa bàn khơng được kiểm tra, kiểm sốt, vì vậy nguy cơ mất an tồn vệ sinh thực phẩm ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng và dịch bệnh động vật bùng phát là rất cao.