Trong những năm qua, công tác quản lý rủi ro của Cục Hải Quan Hà Nội đã có những bước phát triển nhanh chóng, vai trò của công tác quản lý rủi ro ngày càng được chú trọng, mở rộng về phạm vi và chuyên sâu về nội dung, kỹ thuật nghiệp vụ áp dụng trong các lĩnh vực nghiệp vụ hải quan, đặc biệt là việc áp dụng quản lý rủi ro trong thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu (XNK); tạo nền tảng quan trọng cho sự đột phá trong cải cách, điện tử hóa, tự động hóa thủ tục hải quan nói riêng cũng như công tác quản lý của ngành Hải quan nói chung.
Tuy nhiên, công tác quản lý rủi ro, Cục Hải Quan nói chung và Cục Hải Quan Hà Nội nói riêng cũng vẫn còn bộc lộ một số hạn chế, bất cập như: các quy định về quản lý rủi ro đang được quy định tại nhiều văn bản; một số hoạt động nghiệp vụ hải quan chưa áp dụng quản lý rủi ro; hạn chế về chất lượng đánh giá và quản lý doanh nghiệp tuân thủ dẫn đến việc áp dụng kết quả đánh giá tuân thủ trong quản lý hải quan còn mờ nhạt, chưa đáp ứng được các yêu cầu tạo thuận lợi trong hoạt động XNK; chất lượng hiệu quả áp dụng quản lý rủi ro.
Trong bối cảnh mới, dưới sự chỉ đạo của Bộ Tài Chính, Tổng cục Hải quan, Cục Hải Quan Hà Nội đã phối hợp cùng các đơn vị thực hiện các thông tư quy định về quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan. Trong năm 2019, Công tác quản lý rủi ro đối với hàng hóa xuất nhập khẩu của Cục Hải Quan Hà Nội năm 2019 đã tập trung vào kiểm soát rủi ro đối với việc lợi dụng tờ khai
luồng xanh, kiểm soát rủi ro tuyến hàng không, đưa ra các dự báo về gian lận xuất xứ, chuyển tải bất hợp pháp, vận chuyến trái phép ma túy, tiền chất…