Ngày 02/4/1955, Bộ trưởng Bộ Công thương Phan Anh ký Nghị định số 34/BCT/KB/NĐ thành lập Sở Hải quan Hà Nội (Nay là Cục Hải quan Thành phố Hà Nội), trực thuộc Sở Hải quan Trung ương để thực hiện quyền kiểm tra, giám sát, kiểm soát Hải quan trên địa bàn Thủ đô và nhiều vùng lân cận. Sau nhiều cuộc hội thảo đến hội nghị tổng kết công tác năm 2004 Cục Hải quan Thành phố Hà Nội thống nhất đề nghị Tổng Cục Hải quan quyết định lấy ngày 02/4 hàng năm là ngày truyền thống của Cục Hải quan Thành phố Hà Nội.
Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan (ông Nguyễn Tài) đã ký Quyết định số 101/TCHQ/TCCB ngày 03/8/1985 thành lập Hải quan thành phố Hà Nội trực thuộc Tổng cục Hải quan để thống nhất quản lý toàn bộ các đơn vị Hải quan trên địa bàn Hà Nội, lúc đầu, tổ chức bộ máy Hải quan Thành phố Hà Nội gồm có 3 phòng và 4 đơn vị Hải quan cửa khẩu với chỉ tiêu biên chế là 225 người. Từ đây, đánh dấu sự phát triển nhanh chóng, ổn định và vững chắc của Cục Hải quan Thành phố Hà Nội, trụ sở tại tầng 2- A4 Giảng Võ, Quận Ba Đình, Thành phố Hà Nội.
Thời kỳ đầu công cuộc đổi mới đất nước (1986-1990), Nhà nước ban hành nhiều văn bản pháp luật để quản lý kinh tế, trọng tâm là quản lý xuất nhập khẩu và đầu tư. Để đáp ứng yêu cầu quản lý, Hải quan Thành phố Hà Nội được bổ sung tăng cường biên chế, lấy từ nhiều nguồn, khối lượng công tác nghiệp vụ Hải quan tăng lên đáng kể. Thống kê năm 1989, Hải quan Thành phố Hà Nội đã làm thủ tục cho 2500 lượt chuyến bay với 189.134 lượt khách xuất nhập cảnh, kim ngạch hàng hoá xuất nhập khẩu đạt 193 triệu USD, phát hiện 345 vụ vi phạm pháp luật hải quan, thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu 10,26 tỷ đồng.
ngành Hải quan cũng bước vào thời ký đổi mới và hội nhập, nắm bắt được yêu cầu nhiệm vụ, Hải quan Thành phố Hà Nội đã tích cực cải cách thủ tục, cải cách quy trình kiểm tra Hải quan tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu trên địa bàn Thủ đô, giảm thời gian, giảm phiền hà cho khách xuất nhập cảnh.
Từ khi Luật Hải quan có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2002 mọi quan hệ thương mại và giao lưu quốc tế trên địa bàn quản lý của Cục Hải quan Thành phố Hà Nội được tiếp tục đẩy mạnh, luật đầu tư sửa đổi đã tạo điều kiện cho các doanh nghiệp nước ngoài và trong nước tăng cường đầu tư vào các khu công nghiệp, Các khu công nghiệp thuộc địa bàn quản lý của Cục Hải quan Thành phố tiếp tục mở rộng và phát triển.
Cùngi vớii việci tăngi thêmi cáci đơni vịi trựci thuộc,i bội máyi quảni lýi hànhi chínhi tạii cơi quani Cụci cũngi khôngi ngừngi đượci củngi cối vài hoàni thiệni cải vềi lượngi vài chất.i Từi bội máyi gồmi 4i phòngi nămi 1985,i sắpi xếpi lạii thànhi 9i phòngi (9/1994),i 10i phòngi (2000)i đếni nayi đểi phụci vụi choicôngi cuộci cảii cách,i hiệni đạii hoáivàihộii nhậpicơiquaniCụci đượcisắpi xếpilạiithànhi 11iphòng,i13iChiicục.
Ngàyi 01/01/2013i thựci hiệni thủi tụci hảii quani điệni tửi (Nghịi địnhi sối 87/2012/NĐ-CPicóihiệuilựcikểitừingàyi 01/01/2013).
58i nămi quai lài cải mộti chặngi đườngi xâyi dựng,i trưởngi thànhi vài pháti triểni củai Cụci Hảii quani Thànhi phối Hài Nộii vớii nhữngi nỗi lựci phấni đấui kiêni cường,i bềni bỉ,i liêni tụci cói lúci phảii hyi sinhixươngi máui củai cáci thếi hệi hảii quaniđii trước.i Ghii nhậni nhữngi nỗi lựci phấni đấui trêni đây,i Nhài nướci đãi tặngi thưởngi Hảii quani Thànhi phối Hài Nộii Huâni chươngi độci lậpi hạngi ba;i Huâni chươngi Laoi độngi hạni Bai nămi 1990,i Huâni chươngi Laoi độngi hạngi Nhìi nămi 2000,i Huâni chươngi Laoi độngihạngiNhấti nămi2005i ;iChínhi phủi tặngicờithii đuaixuấtisắcinămi 2002;inhiềui tậpi thể,i cái nhâni Cụci Hảii quani TPi Hài Nộii đượci nhài nướci tặngi thưởngi Huâni chươngi Laoi độngi vài cáci danhi hiệui thii đuai củai Chínhi phủ,i Bội Tàii chính,i Tổngi cụci Hảii quani vài UBNDi cáci tỉnh,i thànhi phố.i Đảngi bội Cụci Hảii quani thànhi phối Hài Nộii liêni tụci đượci nhậni cời "Đảngi bội trongi sạchi vữngi mạnhi tiêui biểui 5i nămi 2001-2004i vài 2005-2009"i củai Thànhi ủyi Hài Nội.i Cáci tổi chứci đoàni thểi quầni
chúngi Côngi đoàn,i Đoàni thanhi niên,i Hộii Cựui chiếni binh,i Phụi nữi liêni tụci đạti tổi chứci cơisởivữngimạnh.