Trong quá trình chuyển đổi sử dụng HĐ điện tử bộc lộ những hạn chế, vì tính mới của HĐ điện tử cũng tạo ra sức ép lớn với Cơ quan quản lý và DN.
Thứ nhất, cơ sở pháp lý về HĐ điện tử chưa đầy đủ, chuẩn chỉnh để đáp ứng
cho quá trình triển khai sâu rộng, để HĐ điện tử thay thế hoàn toàn cho HĐ giấy. Theo quy định về những chỉ tiêu có thể không nhất thiết phải có trên hóa đơn có trường hợp như sau: Đối với trường hợp mua bán, trao đổi hàng hóa mà người mua hàng không phải là một đơn vị kế toán thì trên HĐ điện tử không bắt buộc phải có chữ ký của người mua hàng, hóa đơn vẫn được coi là hợp pháp. Chính vì vậy, nhiều DN lợi dụng vào quy định này để thực hiện hành vi gian lận về doanh thu nhằm phục vụ các mục đích quản trị khác nhau.
Thứ hai, dữ liệu HĐ điện tử chưa gửi trực tiếp về Trung tâm dữ liệu điện tử
của Tổng cục Thuế, khiến DN cùng với Trung gian cung cấp giải pháp kết hợp lợi dụng kẽ hở này để thực hiện hành vi gian lận về thời điểm lập hóa đơn, tính toàn vẹn của thông tin HĐ điện tử được lập.
Thứ ba, nhiều DN vẫn né tránh chuyển đổi sử dụng HĐ điện tử, việc sử dụng
HĐ giấy còn rất phổ biến, nhiều đối tượng lợi dụng sự thông thoáng của chính sách để thực hiện hành vi không tuân thủ Thuế, thành lập DN ma, mua bán DN để xuất
hóa đơn lòng vòng, hóa đơn khống không có thực nhằm mục đích xin khấu trừ thuế, hoàn thuế, trốn thuế... làm thất thoát NSNN.
Thứ tư, triển khai HĐ điện tử còn nhiều lúng túng. Trong tư duy của người
Việt Nam, hóa đơn là chứng từ bằng giấy, HĐ điện tử không được phổ biến ít người hiểu rõ và sử dụng, vì vậy khi triển khai áp dụng, các DN vướng phải rất nhiều khó khăn: Giải thích cho đối tác hiểu thế nào là HĐ điện tử và tính pháp lý của loại hóa đơn này, Hướng dẫn khách hàng kiểm tra thông tin HĐ điện tử, quản lý và lưu trữ HĐ điện tử như thế nào. DN triển khai sử dụng nhưng khách hàng, người mua e ngại về HĐ điện tử sẽ khiến cho giao dịch không thông suốt, gây nhiều cản trở trong các hoạt động sản xuất và kinh doanh.