Thứ nhất, nhiều DN chưa nắm bắt được thông tin, kiến thức, nghiệp vụ về
HĐ điện tử.
Thứ hai, tâm lý kế toán e ngại triển khai hóa đơn điện tử, kế toán giữ thói
quen sử dụng HĐ giấy, trong bối cảnh CQT vẫn cho phép DN sử dụng hình thức hóa đơn cũ, vì vậy, kế toán không triển khai sử dụng HĐ điện tử luôn vì tâm lý ngại làm thủ tục phát hành, ngại chuyển đổi quản lý hóa đơn theo hình thức mới.
Thứ ba, chi phí khởi tạo ban đầu cũng là một khó khăn lớn. Để triển khai sử
mạng, phải có dịch vụ đường truyền tốt. Với những DN quy mô siêu nhỏ, nhỏ và các hộ cá thể vấn đề chi phí khởi tạo cũng là một trở ngại rất lớn.
Thứ tư, DN không tin tưởng phần mềm HĐ điện tử, nguyên nhân xuất phát
từ lo ngại HĐ điện tử tồn tại nhược điểm như sau:
+ HĐ điện tử là dữ liệu điện tử nên rủi ro lớn nhất có thể xảy ra đó là việc DN, khách hàng thậm chí là cơ quan chức năng quản lý nhà nước bị tấn công đánh cắp, thay đổi tính toàn vẹn của thông tin dữ liệu trong quá trình truyền dữ liệu giữa các bên liên quan, gây trở ngại đối với tính hiệu lực của hóa đơn bằng cách không cho phép truy cập dữ liệu, thay đổi tình trạng hoạt động của DN. Cho dù thực hiện các biện pháp đảm bảo tính an toàn và bảo mật song bất kỳ phần mềm dữ liệu nào cũng có những lỗ hổng về thiết kế cần phải hoàn thiện và khắc phục bởi sự phát triển của khoa học công nghệ.
+ HĐ điện tử khác với HĐ giấy thông thường là chỉ được tạo ra và chuyển
đổi một lần không có nhiều liên, nhiều bản khác nhau. Chính điều này cũng có thể tạo ra một rủi ro, trong việc quay vòng HĐ điện tử nhiều lần trong quá trình vận chuyển hàng hóa để đối phó với các cơ quan quản lý thị trường, hợp pháp các hàng hóa phi pháp, tạo khe hở cho việc gian lận, buôn lậu và trốn thuế.
+ DN phát hành HĐ điện tử đòi hỏi phải lựa chọn phần mềm tạo lập HĐ
điện tử, do một đơn vị bên ngoài thị trường cung cấp (đối với HĐ điện tử không có mã xác thực của CQT) hoặc sử dụng phần mềm do chính CQT cung cấp (đối với HĐ điện tử có mã xác thực của CQT). Việc phụ thuộc vào công nghệ do bên thứ ba cung cấp sẽ làm phát sinh ra các sự cố về tính bảo mật thông tin liên quan đến doanh thu, chi phí phát sinh đặc biệt là các DN hoạt động trong các ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh nhạy cảm, có tầm quan trọng liên quan đến yếu tố chính trị, an ninh, quốc phòng, văn hóa,...
Thứ năm, Một nguyên nhân khác khiến các DN không muốn thực hiện triển
khai sớm đó là một số DN kinh doanh không tuân thủ pháp luật, không muốn công khai thông tin một cách minh bạch. Mặc dù, triển khai sử dụng HĐ điện tử đem lại rất nhiều lợi ích cho DN nhưng đối với các DN này họ cố tình lẩn tránh triển khai vì
muốn lợi dụng hình thức cũ để thực hiện những hành vi gian lận, che dấu doanh thu nhằm gian lận số thuế chính xác phải nộp về NSNN.
Trong quá trình thực hiện gặp không ít những khó khăn, vướng mắc ít nhiều khiến các DN có tâm lý chán chường, ngại triển khai. Yêu cầu sự phối hợp xuyên suốt của cơ quan quản lý để giải quyết triệt để các vướng mắc trên.