Cây chủng loại phát sinh được xây dựng dựa trên vùng trình tự 327 bp thuộc vùng gen VP1, bao gồm 26 trình tự tham chiếu được công bố trên Genbank cùng với kết quả giải trình tự của 40 mẫu dương tính với BKV bằng phương pháp Nested PCR (Hình 3.15).
Bảng 3. 8. Sự phân bố các phân nhóm của BKV
Kết quả phân tích bằng cây chủng loại phát sinh cho thấy: 25 mẫu (62,5%) thuộc BKV-I, 15 mẫu (37,5%) thuộc BKV-IV, không phát hiện được BKV-II, III trong các mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân ghép thận tại Việt Nam. Phân tích sâu hơn về trình tự dưới loài, 27/27 mẫu BKV-I thuộc về phân nhóm I/b-1, không phát hiện được các phân nhóm I/b-2, I/a hay I/c. Tuy nhiên, BKV-IV thể hiện sự đa dạng các phân nhóm cao hơn: 10 mẫu thuộc phân nhóm IV/c-1, 4 mẫu thuộc phân nhóm IV/a-1 và 1 mẫu thuộc nhóm IV/a-2 (Bảng 3.8). Một số trình tự trong nghiên cứu này đã được đăng ký trên ngân hàng gen quốc tế với các mã số như MF817712.1, MH019287.1, MH019286.1, MH019285.1…, cung cấp nguồn dữ liệu phân tử quan trọng cho những nghiên cứu dịch tễ học về BKV tại Việt Nam.
BKV có 4 kiểu gen chính là BKV-I, II, III, IV lưu hành trên thế giới và sự phân bố của các kiểu gen cũng như các phân nhóm phụ thuộc vào các vùng địa lý khác nhau. Trong đó, BKV-I phổ biến nhất trên toàn thế giới, chiếm tỷ lệ 70%-80% [80], tiếp đến là BKV-IV chiếm 15%-25%, được phát hiện ở Châu Âu, Châu Á nhưng không phát hiện ở Châu Phi. BKV-II và BKV-III rất hiếm gặp ở mọi vùng địa lý [44]. BKV-I có 4 phân nhóm gồm I/a, I/b-1, I/b-2 và I/c nhưng nguồn gốc và sự phân bố của các phân nhóm là khác nhau. Phân nhóm I/a có nguồn gốc ở Châu Phi, I/b-1 có nguồn gốc từ Đông Nam Á, I/b-2 đến từ châu Âu và I/c chủ yếu ở Đông Bắc Á. Trong nghiên cứu này, khi phân tích trình tự DNA của vùng gen VP1 cho thấy BKV-I là kiểu gen chiếm ưu thế (62,5%), tiếp đến là BKV-IV (32,5%). Phân tích sâu hơn để xác định phân nhóm, 25/25 mẫu thuộc BKV-I ở những bệnh nhân ghép thận tại miền Bắc trong nghiên cứu này đều thuộc nhóm I/b-1. Kết quả này phù hợp với sự phân bố kiểu gen BKV trên thế giới cũng như nguồn gốc và sự phân bố nhóm I/b-1 ởĐông Nam Á trong các nghiên cứu trước đây [22], [44], [92].
BKV-I (n=25) BKV-IV (n=15)
I/a I/-b1 I/b-2 I/c IV/a-1 IV/a-2 IV/b-1 IV/c-1 IV/c-2 0 (0%) 25 (100%) 0 (0%) 0 (0%) 4 (26,67%) 1 (6,67%) 0 (0%) 10 (66,66%) 0 (0%)