Tách chiết DNA
DNA tổng số được tách chiết từ lá lúa. Tiến hành thu 2cm mẫu lá khi cây có 4-5 lá thật (khoảng 20-25 ngày tuổi), làm lạnh trong nito lỏng. DNA được tách chiết bằng phương pháp sử dụng CTAB của Doyle có cải tiến [9]. Trong đó, xác tế bào và protein được loại bỏ bằng CH3COOK và chloroform, DNA được thu lại dưới dạng kết tủa với isopropanol, và rửa với ethanol 70%. DNA được bảo quản ở -200C.
Thu mẫu bông non, tách chiết RNA, tổng hợp cDNA
Cây Nipponbare được gieo trồng với chu kỳ chiếu sáng 14 giờ/ngày tại nhà kính viện Di truyền nông nghiệp. Giai đoạn ra hoa sẽ được thúc đẩy bằng cách điều chỉnh thời gian chiếu sáng 10 giờ/ngày. Thu mẫu bông non ở 2 giai đoạn: Giai đoạn sớm (giai đoạn phát sinh trục bông và phân chia nhánh) và giai đoạn muộn (giai đoạn phát sinh hoa). Mẫu bông non sau khi thu lập tức được làm lạnh trong nito lỏng và bảo quản ở -800C.
RNA tổng số được tách chiết từ mẫu bông non, bằng Kit ”RNeasy Plant Mini Kit” (Qiagen), các mẫu RNA sau đó được xử lý gDNA bằng DNaseI (Thermo Scientific) theo hướng dẫn của nhà sản xuất.
cDNA được tổng hợp từ 1µg RNA tổng số (đã xử lý gDNA) bằng kit SuperScript® III Reverse Transcriptase (Invitrogen) theo hướng dẫn của nhà sản xuất.
Kiểm tra DNA, RNA
Nồng độ và độ tinh sạch của DNA/RNA được kiểm tra ở bước sóng OD260. Mẫu sạch, không bị nhiễm protein khi tỷ số 1,8< OD260/280 < 2,0 và không bị nhiễm các tạp chất khác khi tỷ số 1,8< OD230/260 < 2,0.
Kiểm tra tính toàn vẹn của DNA/RNA: Chất lượng hay độ bảo toàn nguyên vẹn của DNA/RNA (không bị đứt gãy) được kiểm tra bằng phương pháp điện di.