Hầu hết các vector chuyển gen đều được thiết kế hệ thống gen chọn lọc kèm theo gen đích cho phép sàng lọc các mô, cây mang gen ở giai đoạn sớm bằng biểu hiện kháng của gen đó với các chất chọn lọc. Các gen chọn lọc có thể là các gen kháng kháng sinh, kháng thuốc diệt cỏ, gen chỉ thị màu hoặc gen chuyển hóa
RB NOS-Pro NPTII (kanR) NOS-ter 35S-Pro GS1 NOS-ter LB
SacI
XbaI
các cơ chất chọn lọc. Thực chất phân tích tính kháng của chất chọn lọc (kháng sinh, chất diệt cỏ) là chọn dòng tế bào, mô và cây mang tính kháng với chất chọn lọc thông qua hoạt động của gen chuyển. Chất chọn lọc có thể là kháng sinh như kanamycin khi dùng gen nptII hay hygromycine khi dùng gen hpt hoặc thuốc diệt cỏ basta khi dùng gen bar. Bước phân tích này có thể áp dụng cho mọi giai đoạn sau khi biến nạp từ trạng thái đơn bào đến mô sẹo, chồi tái sinh cây hoàn chỉnh hay cây non gieo từ hạt và có thể tiến hành in vitro hoặc in vivo. Đối với trường hợp chọn lọc in vitro, cách thức tiến hành đơn giản: chỉ bổ sung chất theo nồng độ nhất định vào môi trường nuôi cấy rồi quan sát ảnh hưởng của chất chọn lọc lên mô hoặc cây. Biểu hiện thường thấy đối với mô không mang gen là mất khả năng tạo lục lạp rồi sau đó chuyển nâu đen và chết. Còn chồi sẽ không thể tạo rễ nếu không mang gen chuyển mặc dù được chuyển sang môi trường có nồng độ chất kích thích ra rễ cao vì bộ rễ rất nhạy cảm với chất chọn lọc. Đối với trường hợp chọn lọc in vivo: thuốc kháng sinh được pha ở nồng độ cao (gấp 2-5 lần so với chọn lọc in vitro), sau đó cho kháng sinh tiếp xúc trực tiếp lên trên bề mặt lá cây. Kháng sinh sẽ thẩm thấu vào bên trong mô lá và tạo thành vết trắng hoặc nâu trên bề mặt do bị mất diệp lục. Ở những cây có tính kháng các vết đó không hình thành, do diệp lục được bảo vệ bởi các enzyme phân giải kháng sinh.