Biến nạp gen với mục đích cuối cùng là đưa được tính trạng mong muốn vào cây trồng. Vì thế, khâu phân tích trực tiếp tính trạng đó ở quy mô nhà lưới/ vườn ươm, đồng ruộng là khâu có giá trị quyết định cuối cùng. Tùy thuộc vào đặc tính tính trạng của gen chuyển mà các phương pháp phân tích có thể khác nhau. Đối với tính kháng virus, kháng vi khuẩn hay kháng nấm được thử bằng cách lây nhiễm nhân tạo tại các phòng thí nghiệm về bệnh học thực vật với các
chủng virus, vi khuẩn hoặc nấm cập nhật. Sau đó, để khẳng định chính xác tính kháng cần thực hiện bước tiếp theo là kiểm tra tính kháng trên đồng ruộng có lây nhiễm nhân tạo. Đối với tính trạng là tính chống chịu thường được kiểm tra bằng thí nghiệm gây điều kiện ngoại cảnh bất lợi nhân tạo, tuy nhiên đây là việc làm tương đối khó khăn, bởi vì điều kiện bất lợi ngoài tự nhiên luôn đan xen, dễ thay đổi và khó dự báo trước. Đối với các gen cải tiến chất lượng cây trồng hoặc gen sinh trưởng nhanh các phân tích được tiến hành tương đối dễ dàng. Khi quan tân đến tính trạng chất lượng nào và chuyển những gen phù hợp thì sẽ tiến hành các phân tích về chỉ tiêu chất lượng đó, ví dụ tăng hàm lượng β-carotene thì phân tích trực tiếp hàm lượng chất này bằng khối phổ, tăng chất lượng tinh bột, tăng độ dẻo của hạt gạo thì xác định hàm lượng amylose. Đối với gen GS1 tăng cường hiệu quả đồng hóa và tái sử dụng nitơ giúp cây sinh trưởng nhanh các chỉ tiêu sinh trưởng như đường kính thân, chiều cao cây, diện tích lá có thể coi là một thước đo so sánh giữa cây chuyển gen và cây đối chứng không chuyển gen.
Chương 2.
VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU