* Các yếu tố tự nhiên
- Quá trình mặn hóa: Sự xâm nhập mặn của nƣớc biển sẽ ảnh hƣởng các hệ sinh thái, làm mất cân bằng môi trƣờng sống của nhiều loại thủy sinh nƣớc ngọt. Ðiều đó có thể dẫn đến diện tích rừng ngập mặn giảm, nguồn thức ăn thực vật và dinh dƣỡng của các loài sinh vật sống ở sông, biển cũng giảm. Bên cạnh đó, diện tích đất nông nghiệp bị nhiễm mặn cũng sẽ không thể canh tác đƣợc.
Việc khoanh đầm nuôi dọc bờ biển, cửa sông và ven sông với diện tích lớn đã làm giảm đáng kể diện tích phân phối nƣớc triều, đặc biệt khi triều cƣờng, điều này kéo theo sự xâm nhập mặn vào sâu trong lục địa (trùng với mùa khô).
- Biến đổi khí hậu:
Biến đổi khí hậu và ĐNN có sự tƣơng tác mật thiết với nhau. Dƣới tác động của biến đổi khí hậu, các hệ sinh thái ĐNN chịu những rủi ro nặng nề nhất, so với các hệ sinh thái trên cạn và biển; nhƣng nếu đƣợc quản lý tốt, các hệ sinh thái ĐNN và đa dạng sinh học của nó sẽ có vai trò lớn trong giảm nhẹ và thích ứng với biến đổi khí hậu.
Biến đổi khí hậu tác động tới các hệ sinh thái ĐNN theo nhiều cách khác nhau. Nhiệt độ tăng sẽ tác động tới các loài động, thực vật nhạy cảm với nhiệt độ; lƣợng mƣa giảm sẽ thu hẹp diện tích ĐNN, làm tăng phát thải khí nhà kính vào khí quyển do sự phân hủy của các chất hữu cơ, nhất là than bùn. Biến đổi khí hậu (nƣớc biển dâng) dẫn tới sự thu hẹp diện phân bố địa lý của ĐNN. Hơn thế nữa, các hệ sinh thái ĐNN phụ thuộc một cách chặt chẽ vào mức nƣớc của thủy vực và vì thế sự thay đổi các điều kiện khí hậu sẽ ảnh hƣởng tới lƣợng nƣớc trong các hệ sinh thái, qua đó ảnh hƣởng tới các chức năng đặc trƣng của ĐNN bao gồm cả thành phần và cấu trúc của các quần xã sinh vật. Do đó, biến đổi khí hậu là một yếu tố quan trọng trong quản lý ĐNN. Bảo tồn và sử dụng một cách khôn khéo ĐNN chắc chắn là sẽ không thể đạt đƣợc nếu không tính tới yếu tố biến đổi khí hậu.
* Các yếu tố kinh tế - xã hội
- Tăng trưởng dân số và quá trình đô thị hóa: Khi dân số và mức sống tăng, nhu cầu lƣơng thực sẽ ngày càng tăng lên, đòi hỏi các sản phẩm cây trồng tăng lên, kéo theo đó là nhu cầu về nƣớc và đất ở tăng.
- Nhu cầu nước cho các ngành không giống nhau: Trên thế giới, nhu cầu về nƣớc cho các mục đích sử dụng chiếm tỷ lệ khác nhau nhƣ: cho sản xuất nông nghiệp chiếm 80%, sinh hoạt chiếm 15% và nƣớc dùng cho công nghiệp chiếm 5% [7]. Do sự bành trƣớng và ƣu tiên nƣớc cho các ngành sản xuất phi nông nghiệp đã làm ảnh hƣởng đến khả năng sử dụng cho mục đích nông nghiệp.
- Sự ô nhiễm nước: Ô nhiễm nguồn nƣớc ngọt là một trong những nguyên nhân gây xung đột trong khai thác nguồn nƣớc trên thế giới. Do đẩy nhanh thâm canh trong nông nghiệp, việc sử dụng phân bón hóa học ngày càng tăng lên, đó là nguyên nhân làm cho đất và nguồn nƣớc bị ô nhiễm bởi nitrat và phốtphat. Chúng gây nên sự mất cân bằng chức năng của các hệ sinh thái thủy vực dẫn tới sự nghèo nàn đáng kể của các hệ động thực vật dƣới nƣớc.