1. Lấy 1,0 ml dung dịch NaCl (0,85%) vào tube loại 1,5 ml.
2. Dùng tămpon vô trùng lấy vi khuẩn đã được nuôi cấy sau 18 - 24 giờ cho vào tube, trộn đều, ghi ký tự mẫu.
3. Rửa khuẩn vi khuẩn 2 lần bằng NaCl (0,85%) tạo dung dịch treo, ly tâm 10.000 rpm/5 phút, ly tâm bỏ dịch nổi và thu cặn.
4. Cho vào tube 1 ml dung dịch đệm 10mM tris (pH:8,0), đồng nhất mẫu bằng cách trộn đều. Đo nồng độ vi khuẩn (tương đương 0,5 MacFaland). Sử dụng giấy parafin quấn quanh đầu tube, đun sôi dung dịch treo ở 1000C/10 phút (thời gian tính từ lúc nước ở 1000C).
5. Ly tâm 12.000 rpm/5 phút, thu dịch nổi chuyển sang tube khác. 6. Thực hiện phản ứng PCR ngay hoặc bảo quản ở -200C.
C. Qui trình tách chiết và tinh sạch S. pneumoniae gram (+)
1. Lấy 300 µl dung dịch NaCl 0,85% cho vào tube 1,5 ml và ghi ký hiệu mẫu.
2. Dùng tăm bông vô trùng lấy vi khuẩn đã được nuôi cấy sau 18 - 24 giờ cho vào tube. Đo nồng độ vi khuẩn tương đương 3,0 MacFaland. Sử dụng giấy parafin quấn quanh đầu tube.
3. Trộn đều và ủ ở 700C/15 phút.
4. Ly tâm ở 12.000 rpm/2 - 4 phút, loại bỏ dịch nổi, thu cặn.
5. Hoàn vào tube 50µl dung dịch đệm TE (10mM tris-HCL, 100 µM EDTA, pH: 8,0 và cộng thêm 10 µl mutanolysin (3000 U/ml) và 8µl hyaluronidase (30 mg/ml). 6. Ủ tube canh khuẩn ở 370C /30 phút đến 10 giờ (qua đêm)
7. Bất hoạt enzyme trong dung dịch treo bằng đun sôi ở 1000C/10 phút.
8. Ly tâm 12.000rpm/4 phút, thu dịch nổi sang tube khác và sử dụng DNA cho phản ứng PCR hoặc bảo quản ở - 200
C.