Để tăng cường hiệu quả của hoạt động chi thường xuyên, chính phủ cần mạnh dạn giao thêm quyền cho các đơn vị sự nghiệp công thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong hoạt động, để các đơn vị được tự chủ trong quản lý, sử dụng biên chế và tài chính. Quy định rõ thẩm quyền và trách nhiệm của người đứng đầu trong quản lý và điều hành đơn vị sự nghiệp, có cơ chế giám sát, kiểm tra việc thực hiện thẩm quyền của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công.
Cần sớm nghiên cứu xây dựng Đề án đổi mới phương pháp lập dự toán và giao dự toán NSNN theo đầu vào, như hiện nay sang lập dự toán và giao dự toán
NSNN theo kết quả đầu ra.
Lập ngân sách theo đầu ra là một hoạt động quản lý ngân sách dựa vào cơ sở tiếp cận những thông tin đầu ra để phân bổ và đánh giá sử dụng nguồn lực tài chính nhằm hướng đạt được các mục tiêu chiến lược phát triển của Chính phủ. Lập ngân sách theo đầu ra bao hàm một chiến lược tổng thể nhằm đạt được những thay đồi quan trọng trong việc quản lý và đo lường công việc thực hiện của các cơ quan Nhà
nước so với mục tiêu đề ra. Nó bao gồm nhiều công đoạn như: thiết lập mục tiêu, lựa chọn các chỉ số và kết quả hướng tới, xác định các nguồn lực tài trợ cho các đầu ra cần thiết để đạt được kết quả mong muốn, giám sát côngviệc thực hiện, phân tích và báo cáo những kết quả này so với mục tiêu đề ra.
Quản lý NSNN theo kết quả đầu ra được coi là công cụ để Nhà nước tập trung nguồn lực công vào nơi mang lại lợi ích cao nhất cho xã hội, giúp cải thiện chính sách công và góp phần tăng cường hiệu quả quản lý.
Tăng định mức dự toán chi NSNN giúp cơ quan sử dụng ngân sách đảm bảo được hết các chức năng nhiệm vụ của mình, vì hiện nay định mức khoán chi quá thấp…
Nâng cao hiệu quả ứng dụng công nghệ thông tin điện tử tiên tiến vào quy
trình quản lý ngân sách tại các địa phương, bảo đảm xử lý dữ liệu quản lý ngân
sách một cách kịp thời và hiệu quả.