a. Chính sách thuế giá trị gia tăng và các luật, chính sách liên quan
Một số chính sách thuế còn thiếu đồng bộ, thiếu công bằng, nhiều kẽ hở, bất hợp lý không tạo được sự đồng thuận trong nhân dân, sẽ là khó khăn rất lớn cho công tác quản lý. Luật thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế từ khi ban hành đã nhiều lần được sửa đổi, bổ sung. Qua mỗi lần thay đổi, chính sách thuế đã tạo ra những tác động rất lớn đối với công tác quản lý thuế.
Một chính sách thuế chú trọng công bằng hơn hiệu quả kinh tế sẽ điều tiết mạnh vào người có thu nhập cao, mức thuế suất sẽ tăng rất nhanh theo lượng thu nhập tăng thêm. Điều này thông thường sẽ làm giảm nỗ lực làm việc của cá nhân có thu nhập cao. Nhìn chung, hiệu quả kinh tế sẽ giảm. Ngược lại, chính sách chú trọng hiệu quả kinh tế hơn sẽ điều tiết ít vào những người có thu nhập cao, tạo điều kiện cho họ hăng hái làm việc, tạo thêm thu nhập cho xã hội. Một chính sách thuế ổn định, công bằng, nghiêm minh sẽ góp phần mang lại hiệu quả cao trong quản lý thuế.
b. Cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ cho quản lý thuế
Hệ thống thông tin trong quản lý đóng vai trò quan trọng trong mục tiêu giảm chi phí tuân thủ, đảm bảo hiệu quả trong giao dịch.
Sử dụng công nghệ thông tin trong quản lý thu thuế đạt hiệu quả cao. Khoa học công nghệ phải hỗ trợ mạnh mẽ, tích cực cho quản lý thu thuế đối với các doanh nghiệp. Cụ thể như sau:
- Xây dựng và cập nhật hệ thống số liệu lịch sử về doanh nghiệp một cách đầy đủ. Hệ thống quản lý được nối mạng toàn quốc và có sự đối chiếu thông tin một cách tự động;
- Xây dựng phần mềm hoàn chỉnh phân tích rủi ro phục vụ cho công tác thanh tra, kiểm tra như: phân loại đối tượng thanh tra, kiểm tra; phân tích kê khai, phân tích báo cáo tài chính, đối chiếu hóa đơn...;
- Kết nối với hệ thống thông tin trong nội bộ ngành và các ngành kinh tế có liên quan cũng như với các doanh nghiệp để cung cấp thông tin hỗ trợ lẫn nhau.
c. Sự phối kết hợp của các tổ chức, cá nhân trong quản lý thuế
Trách nhiệm của các cơ quan và tổ chức, cá nhân với việc quản lý thu thuế đối với các doanh nghiệp dân doanh chưa được qui định đầy đủ, rõ ràng trong các văn bản pháp luật hóa sẽ dẫn đến tình hình là các tổ chức, cá nhân này không thực hiện việc cung cấp thông tin và phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế trong điều tra xác định mức thuế, thực hiện cưỡng chế về thuế...
Sự phối hợp với các cơ quan chức năng, nhất là cơ quan công an, kiểm sát, quản lý thị trường trong việc chống buôn lậu, gian lận thương mại, chống làm hàng giả, chống trốn lậu thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế... sẽ có tác dụng tốt trong việc phát hiện, xử lý kịp thời những vi phạm pháp luật thuế.