Cây lúa (Ozyra sativa L.) là cây trồng chính ở Việt Nam, chiếm khoảng 70% tổng diện tích nông nghiệp (FAOSTAT, 2013). Sự đa dạng về vị trí địa lý, địa hình tự nhiên của Việt Nam khiến cây lúa cũng thích nghi với nhiều điều kiện sinh thái khác nhau nhƣ: chủ động tƣới tiêu, nƣơng rẫy, canh tác nƣớc trời ở vùng đất thấp, vùng chiêm trũng, ven biển ngập mặn. Tuy nhiên, chủ yếu lúa đƣợc trồng trong điều kiện thâm canh, chủ động tƣới tiêu ở hai vùng đồng bằng lớn của Việt Nam là Đồng bằng châu thổ sông Hồng và Đồng bằng châu thổ sông Cửu Long. Đây cũng là hai vùng cung cấp sản lƣợng lúa gạo lớn nhất cả nƣớc với diện tích thu hoạch chiếm trên 50% tổng diện tích thu hoạch hàng năm của cả nƣớc, với 2 đến 3 vụ lúa trong năm (GRiSP, 2013). Miền Bắc Việt Nam đƣợc cho là nằm trong vùng trung tâm khởi nguyên của lúa trồng Châu Á, nằm trong trung tâm đa dạng di truyền của lúa trồng Châu Á, do đó, nguồn gen cây lúa ở Việt Nam, đặc biệt là Miền Bắc Việt Nam có độ đa dạng rất cao (Fukuoka et al., 2003). Để tránh việc mất dần đi các nguồn gen quý trong tự nhiên, nhất là ở các vùng canh tác có điều kiện ngoại cảnh bất lợi, chính phủ Việt Nam đã có chƣơng trình thu thập, lƣu giữ và bảo tồn nguồn gen thực vật từ năm 1987, một mạng lƣới thu thập đƣợc hình thành trên cả nƣớc, trong đó Trung tâm Tài nguyên Thực vật – Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam là nòng cốt (Sen and Trinh, 2009).
Đến nay, trong Ngân hàng gen của Trung tâm Tài nguyên Thực vật Việt Nam đang lƣu giữ khoảng 8000 nguồn gen lúa (Đoàn Thanh Quỳnh và cs., 2016). Tuy nhiên, các nghiên cứu đánh giá về đa dạng di truyền của nguồn gen này còn rất ít và thƣờng chỉ giới hạn ở số lƣợng mẫu giống nhỏ. Các chỉ thị thƣờng đƣợc dùng là: isozymes (Courtois and Carandang, 1997; Khush et al., 2003), RFLP
(Fukuoka et al., 2003), và phổ biến hơn là dùng chỉ thị SSRs (Nguyen et al.,
2012; Khuất Hữu Trung và cs., 2013; Ngô Thị Hồng Tƣơi và cs., 2014; Đoàn Thanh Quỳnh và cs., 2016). Việc nghiên cứu đặc điểm đa dạng di truyền của các nguồn gen trong ngân hàng gen là rất cần thiết để có những nghiên cứu sâu hơn, hoặc để khai thác nguồn vật liệu di truyền mới phục vụ công tác chọn tạo giống cây trồng, đều này đã đƣợc chỉ ra bởi Tanksley and McCouch (1997). Những năm gần đây các nhà khoa học ở Việt Nam đã dần chú trọng tới việc khai thác nguồn gen bản địa lúa Việt Nam để đƣa vào các chƣơng trình chọn tạo giống (Khuất Hữu Trung và cs., 2013). Nhƣng do giới hạn về kinh phí và nhiều yếu tố khách quan khác nên các nghiên cứu đa dạng di truyền với quy mô lớn ở các giống lúa Việt Nam cho đến nay vẫn hầu nhƣ không có. Hiện nay, dự án hợp tác giữa Viện Di truyền Nông nghiệp Việt Nam với Trung tâm nghiên cứu John Inners và Trung tâm Phân tích genome tại Anh để giải trình tự các giống lúa bản địa Việt Nam (Ayling et al., 2018), hứa hẹn sẽ mở ra những tiến bộ mới trong công tác nghiên cứu, khai thác nguồn gen đa dạng của lúa Việt Nam trong tƣơng lai.