Lỗ khoan địa chất là yếu tố quan trọng trong việc thiết lập mô hình cấu trúc 3D. Tất cả các tọa độ đã được chuyển sang WGS 84 UTM. Trong một số trường hợp, một vài lỗ khoan ở gần nhau tuy được đặt tên khác nhau nhưng lại có tọa độ giống hệt nhau. Trường hợp như vậy cần thực hiện thay đổi để có được tọa độ duy nhất cho từng giếng khoan. Hơn nữa, khi các lỗ khoan đặt gần nhau và có thành phần đất đá tương tự nhau thì các lỗ khoan ở nông hơn không được đưa vào mô hình.
Bản đồ địa chất của Việt Nam tỷ lệ 1:500.000 được sử dụng làm nguồn dữ liệu cho mô hìnhđể chi tiết hóa giới hạn của các vỉa lộ thiên.
Các mặt cắt ngang cũng được cung cấp từ Bộ Tài nguyên và Môi trường, Cục Địa chất và khoáng sản Việt Nam kết hợp với những gợi ý về vị trí lỗ khoan. Những mặt cắt ngang đã được đưa vào mô hình cấu trúc 3D. Nói chung, các mặt cắt ngang chỉ tương đối phù hợp với các mặt cắt ngang 3D. Nguyên nhân chính là do việc diễn giải thông tin trong các mặt cắt ngang 2D mang tính khái quát hơn và việc chuyển đổi vuông góc vị trí các lỗ khoan chỉ thực hiện trong các mặt cắt ngang 2D.
Trình tự chung cho việc xây dựng mô hình với ArcHydro là làm việc trong một cửa sổ bản đồ phẳng 2D và, cùng một lúc, để xây dựng mặt cắt trong một cửa sổ dọc 2D. Các cửa sổ bản đồ hiển thị thông tin bao gồm định dạng dữ liệu vector (shapefile) hoặc định dạng dữ liệu pixel (bản đồ). Trong cửa sổ bản đồ, phạm vi của từng đơn vị địa chất, địa chất thủy văn cũng được xác định. Một mạng lưới các mặt cắt ngang được trình bày trong một hình chữ nhật nhỏ có định hướng song song và vuông góc với bờ biển. Những mặt cắt này kết nối các lỗ khoan mà có thể thấy rõ theo hướng mặt cắt ngang trong cửa sổ bản đồ. Ở đây, các đường thể hiện ranh giới của từng đơn vị địa tầng được vẽ lên dựa trên những kiến thức hiện tại về đặc điểm địa tầng bên dưới mặt đất và được tô màu tự động. Phạm vi của đơn vị địa tầng trong mặt cắt ngang cũng được hiển thị trong cửa sổ bản đồ và có thể điều chỉnh được phạm vi các đơn vị tại đây.
Hình dưới thể hiện mặt cắt ngang các tầng địa chất thủy văn trong phạm vi nghiên cứu từ mô hình ArcHydro Groundwater.