Virus cúm gia cầm lần đầu tiên xuất hiện tại Việt Nam vào cuối năm 2003 và được xác nhận là virus cúm độc lực cao A/H5N1. Từ đó đến nay chủ yếu chỉ xuất hiện các báo cáo và những nghiên cứu về tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1cũng như virus cúm A/H5N1 tại Việt Nam tuy nhiên về tình hình dịch bệnh cúm gia cầm A/H9N2 thì chưa xuất hiện một báo cáo chính thức nào. Đôi khi xuất hiện những ghi nhận mang tính địa phương về một vài ổ dịch có biểu hiện triệu chứng của bệnh cúm gia cầm nhưng tỷ lệ chết thấp, sau đó được xác định là do virus cúm gia cầm A/H9N2 gây ra.
Virus cúm gia cầm A/H9N2 lần đầu tiên được xác nhận tại Việt Nam là năm 2009 trên đàn vịt tại Hà Tây tuy nhiên không xác định được các thông tin dịch tễ của ca bệnh (Nomura et al., 2011).
Theo báo cáo sơ kết 6 tháng đầu năm 2015 của Trung tâm Chẩn đoán thú y trung ương xuất hiện ca bệnh cúm gia cầm A/H9N2 trên đàn gà tại Nghệ An vào đầu năm 2015. Tuy nhiên các thông tin về ca bệnh rất ít không xác định được nguồn gốc địa điểm cụ thể cũng như các thông tin về dịch tễ ca bệnh.
Cuối tháng 3/2015 một ổ dịch cúm gia cầm A/H9 được phát hiện trên đàn gà trắng tại Chương Mỹ - Hà Nội với số chết là 400 con trên tổng đàn 9000 con. Thời gian diễn biến bệnh trong vòng 1 tuần, gà chết có các triệu chứng đặc trưng của bệnh cúm như ỉa chảy, mào và tích xanh tím. Mổ khám có bệnh tích xuất huyết các cơ quan, não sung huyết.
Theo báo cáo tổng kết công tác năm 2016 của Cơ quan thú y vùng 7, trong năm 2016 xuất hiện ca bệnh cúm gia cầm A/H9N2 trên đàn gà tại huyện Châu Phú – tỉnh Hậu Giang tuy nhiên các thông tin về dịch tễ của ca bệnh không được xác định.