Bên cạnh những kết quả đạt được, trong những năm 1997-2010, hoạt động kinh tế Nơng nghiệp cịn một số tồn tại, hạn chế. Các ngành nông nghiệp phát triển còn chậm, chất lượng còn thấp, thiếu đồng bộ,
chưa tương xứng với tiềm năng của tỉnh. Sức cạnh tranh của một số sản phẩm Nơng nghiệp cịn thấp, chưa đáp ứng yêu cầu hội nhập kinh tế. Việc chỉ đạo nhân rộng mơ hình sản xuất ở địa phương cịn hạn chế, chưa có những mơ hình nổi trội về công nghệ hiệu quả kinh tế; triển khai thực hiện quy hoạch phát triển các vùng kinh tế trọng điểm và chuyển đổi cơ cấu cây trồng còn chậm, cây, con mũi nhọn trên đồi chưa rõ, tập quán canh tác nhìn chung cịn lạc hậu, năng suất cây trồng vật ni chưa cao; tiềm năng đất đai (nhất là đất trống đồi núi trọc), lao động, nghề truyền thống chưa được đầu tư khai thác có hiệu quả; Việc sản xuất hàng hóa cũng như quy hoạch vùng sản xuất hàng hóa tập trung đối với sản xuất nơng nghiệp cịn gặp nhiều khó khăn; trình độ, khả năng đầu tư thâm canh còn hạn chế.
Chuyển dịch cơ cấu kinh tế Nông nghiệp trong nội bộ ngành, chuyển dịch lao động nông nghiệp chậm, chưa vững chắc; tỷ trọng giá trị ngành trồng trọt còn cao (chiếm 63%).
Hiệu quả sản xuất, kinh doanh trong Nông nghiệp chưa cao. Sản phẩm hàng hố ít, khối lượng nhỏ, chưa phong phú; chất lượng sản phẩm, sức cạnh tranh hạn chế. Chưa khai thác được mối liên kết giữa nông nghiệp và công nghiệp, mối liên kết 4 nhà để đẩy mạnh chế biến gắn sản xuất với tiêu thụ sản phẩm.
Cơ sở hạ tầng trong Nơng nghiệp - nơng thơn cịn thiếu, yếu, chưa đồng bộ, xuống cấp, chưa được khắc phục (như Thuỷ lợi; giao thông nông thôn; giao thông nội đồng; hạ tầng Thuỷ sản; cơ sở vật chất sản xuất giống cây, con; phịng thí nghiệm, xét nghiệm,..), chưa đáp ứng u cầu sản xuất hàng hố.
Chưa có được những mơ hình ứng dụng cơng nghệ cao, mơ hình sản xuất lớn có hiệu quả cao, một số chương trình Nơng nghiệp trọng điểm triển khai chậm, cá biệt có chương trình khơng đạt hiệu quả.
Việc ứng dụng các thành tựu khoa học, công nghệ và áp dụng tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất cịn chậm vì nguồn vốn cịn ít, trình độ dân trí chưa cao. Dịch vụ Nông nghiệp phát triển chậm, chủ yếu là tư thương nắm giữ. Chưa có xí nghiệp chế biến quy mơ lớn, việc chế biến nơng sản cịn chủ yếu vẫn là chế biến thơ nên chất lượng nơng sản hàng hóa chưa cao, cịn gặp nhiều khó khăn trong khâu tiêu thụ.
Việc chuyển dịch cơ cấu cây trồng trong Nông nghiệp chưa thật gắn với thị trường: sản phẩm nông sản đơn điệu, chất lượng kém, giá thành cao, hạn chế khả năng tiêu thụ sản phẩm trong và ngoài nước, ứng dụng khao học cơng nghệ cịn ít. Trong những năm gần đây cơ sở hạ tầng đã được đầu tư xây dựng nhưng chưa đồng bộ, dịch vụ Nông nghiệp chất lượng chưa tốt, chưa đáp ứng nhu cầu phát triển Nông nghiệp theo hướng cơng nghiệp hóa, hiện đại hóa.
Cơng tác điều tra tài nguyên, quy hoạch cho lĩnh vực kinh tế Nông nghiệp và nơng thơn nói chung, các ngành nghề, cây cơng nghiệp nói riêng, đặc biệt là quy hoạch đất đai và thực hiện những dự án chuyển đổi cơ cấu sản xuất nông nghiệp chưa được tiến hành đồng bộ. Mới được tiến hành ở những nơi có điều kiện thuận lợi như thị xã, thị trấn, còn vùng sâu, vùng xa chưa được quan tâm đúng mức.
Trong chăn nuôi công tác chỉ đạo quản lý Nhà nước về thú y ở một số địa phương chưa quyết liệt, quản lý dịch bệnh cịn bng lỏng và chưa kiểm soát chặt chẽ
Đối với lĩnh vực trồng trọt việc quản lý các chế phẩm có nguồn gốc sinh học và phân tích kiểm tra dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trên
nông sản sau thu hoạch cịn hạn chế; Việc ứng dụng cơ giới hố vào các khâu trong sản xuất chưa nhiều; thực hiện các biện pháp phòng chống thiên tai và chủ động bố trí cây trồng khắc phục bất lợi của thời tiết chưa triệt để, việc kiểm tra đơn đốc thực hiện các chương trình Nơng nghiệp trọng điểm còn hạn chế; nhiều vấn đề trong Nông nghiệp, nông thôn và nông dân chậm được giải quyết.
Đối với lĩnh vực Lâm nghiệp thì tiến độ trồng rừng chậm, năng suất chất lượng rừng chưa cao. Công tác quản lý giống Lâm nghiệp chưa chặt chẽ cịn bng lỏng, chưa kiểm tra được nguồn gốc, xuất xứ giống đưa vào trồng rừng. Quy trình kỹ thuật trồng rừng (nhất là trồng rừng phòng hộ) còn nhiều bất cập, chưa phù hợp với thực tế. Cơ cấu cây trồng chưa hợp lý. Trồng rừng sản xuất phục vụ cho công nghiệp chế biến giấy mới được chú trọng đầu tư vốn cho các lâm trường quốc doanh, còn các thành phần kinh tế khác chưa được quan tâm nhiều vì vậy năng suất bình qn chung cịn thấp, hiệu quả từ rừng chưa cao; tỷ trọng kinh tế Lâm nghiệp so với kinh tế nông Lâm thuỷ sản tăng chậm, cơ chế khuyến khích gắn kết giữa người trồng rừng nguyên liệu với khâu thu mua chế biến chưa chặt chẽ, người dân thiếu vốn và chưa có hợp đồng lâu dài tiêu thụ sản phẩm. Cơng tác khuyến lâm chuyển giao tiến bộ khoa học còn nhiều hạn chế nhất là ở cơ sở.
Nguyên nhân:
Phú Thọ là tỉnh có nhiều khó khăn. Điểm xuất phát của nền kinh tế nói chung và của Nơng nghiệp nói riêng cịn thấp, kinh tế Nơng nghiệp - nơng thơn tỉnh nhà vẫn chưa thốt khỏi tình trạng sản xuất nhỏ. Sản xuất Nông nghiệp phụ thuộc nhiều vào tự nhiên; thời tiết, khí hậu, dịch bệnh diễn biến phức tạp gây ảnh hưởng lớn đến sản xuất. Lợi nhuận trong sản
xuất nông nghiệp thấp và chứa đựng nhiều rủi ro nên chưa hấp dẫn các nhà đầu tư trong và ngoài nước.
Đội ngũ cán bộ cịn nhiều hạn chế, chưa có nhiều cán bộ quản lý, cán bộ kỹ thuật giỏi, cán bộ chỉ đạo có nhiều kinh nghiệm.
Nguồn lực đầu tư cho phát triển nông nghiệp, nhất là nguồn kinh phí hỗ trợ cho các chương trình Nơng Lâm nghiệp trọng điểm giảm.