Công nghiệp chế biến, chế tạo là lĩnh vực thu hút được sự quan tâm lớn nhất của nhà đầu tư Nhật Bản. Lĩnh vực này dẫn đầu về số lượt dự án đăng ký đầu tư với 1404 dự án với tổng số vốn đăng ký là 31,79 tỷ USD, chiếm 82,1% tổng vốn đầu tư đăng ký; đứng thứ 2 và thứ ba là lĩnh vực kinh doanh bất động sản và lĩnh vực thông tin, truyền thông với số vốn đầu tư lần lượt là 1,74 tỷ USD và 1,52 tỷ USD; còn lại là các dự án thuộc lĩnh vực khác.
Cho đến nay, nhiều tập đoàn lớn của Nhật Bản đã có mặt tại Việt Nam với các sản phẩm có uy tín, có sức cạnh tranh và hàm lượng kỹ thuật cao, trong đó, có nhiều sản phẩm thay thế hàng nhập khẩu và tham gia tích cực vào xuất khẩu.
Trong lĩnh vực hóa dầu có dự án Lọc hóa dầu Nghi Sơn tại Thanh Hóa, liên doanh giữa các đối tác Idemitsu Kosan Co., Ltd; Mitsui Chemicals, Inc của Nhật Bản; Kuwait Petroleum Europe B.V của Cô Oét và Tập đoàn dầu khí của Việt Nam; tổng vốn đầu tư là 6,2 tỷ USD.
Trong lĩnh vực công nghệ thông tin - điện tử, có Hợp danh giữa Tổng Công ty Bưu chính viễn thông Việt Nam với Tập đoàn NTT, Công ty sản xuất máy tính Fujitsu và các công ty Canon, Sony, Matsushita, Sumitomo, Sanyo. Trong ngành
công nghiệp ô tô, xe máy có Toyota, Honda, Isuzu, Suzuki và Mitsubishi. Nhật Bản là một trong những quôc gia đầu tiên tham gia nhiều vào ngành công nghiệp sản xuất, lắp ráp ô tô, xe máy ở Việt Nam. Ngành công nghiệp vật liệu xây dựng cũng đã thu hút được các dự án lớn của Nhật Bản như Công ty xi măng Nghi sơn tại Thanh Hóa do Tập đoàn NM Cement liên doanh với Tổng Công ty xi măng Việt Nam, dự án sản xuất kính nổi tại Bắc Ninh của Tập đoàn Nippon Sheet Glass và Toyota Tsusho liên doanh với Công ty Viglacera.
Đáng chú ý là cho đến nay các nhà đầu tư Nhật Bản đã đầu tư xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng ba khu công nghiệp tại Việt Nam, gồm Khu công nghiệp Nomura (Hải phòng), Khu công nghiệp Thăng Long (Hà Nội) và Khu công nghiệp Long Bình (Đồng Nai). Khu công nghiệp Nomura có vốn đầu tư 163 triệu USD với diện tích 153 ha đã xây dựng hoàn chỉnh cơ sở hạ tầng đạt chất lượng cao. Khu công nghiệp Thăng Long (Hà Nội) với tổng vốn đầu tư 90,3 triệu USD đã được lấp đầy.