Cũng nhƣ mọi hoạt động khác, tổ chức công tác kế toán cũng phải hƣớng tới mục tiêu cuối cùng là hiệu quả. Tuy nhiên, hạch toán kế toán lại là hoạt động đặc biệt sản xuất ra những thông tin có ích về vốn, kinh phí đƣợc huy động và sử dụng cho quản lý nên hiệu quả của tổ chức công tác kế toán phải đƣợc xem xét toàn diện. Chính vì vậy, để tổ chức công tác kế toán khoa học cần phải dựa trên các nguyên tắc dƣới đây:
Một là, đảm bảo tính thống nhất giữa kế toán và với yêu cầu quản lý của nhà nƣớc và đơn vị. Nhƣ trên đã phân tích, kế toán là một phân hệ trong hệ thống quản lý với chức năng thông tin và kiểm tra về hoạt động tài chính của các đơn vị hạch toán, Vì vậy, về nguyên tắc, tổ chức công tác kế toán trong các đơn vị sự nghiệp phải đảm bảo tính thống nhất quản lý nói chung.
Nguyên tắc thống nhất ở đây bao gồm thống nhất giữa đơn vị hạch toán kế toán với đơn vị quản lý (trƣớc hết là đơn vị cơ sở) còn đƣợc hiểu là thống nhất về không gian quản lý và tổ chức hạch toán theo yêu cầu quản lý; thống nhất mô hình tổ chức kế toán với mô hình tổ chức hoạt động và tổ chức quản lý; bảo đảm hoạt động quản lý phải gắn với kế toán và không đƣợc tách rời hoạt động kinh tế. Trên cơ sở đó, mọi quyết định liên quan đến tài chính trong đơn vị sự nghiệp phải có thông tin kế toán các chỉ tiêu hạch toán phải phù hợp với chỉ tiêu quản lý và hƣớng tới chỉ tiêu quản lý. Trong các đơn vị sự nghiệp, bên cạnh bộ phận kế toán còn có nhiều bộ phận quản lý khác nhƣ kế hoạch, vật tƣ, … Các bộ phận này phải có quan hệ chặt chẽ với nhau tạo thành hệ thống quản lý của đơn vị. Với tƣ cách là một bộ phận của hệ thống quản lý, tổ chức công tác kế toán phải luôn đảm bảo mối quan hệ giữa các bộ phận khác nhau để cung cấp thông tin nội bộ kịp thời, thống nhất quản lý, đối chiếu số liệu, đánh giá tình hình thực hiện các chỉ tiêu kế hoạch…
Hai là, đảm bảo sự thống nhất về nội dung, phƣơng pháp của kế toán với các chế độ kế toán hiện hành của Nhà nƣớc. Hạch toán kế toán là công cụ quan trọng để Nhà nƣớc kiểm tra, giám sát tình hình tài chính tại các đơn vị sự nghiệp tổ chức cung cấp dịch vụ công đồng thời là nguồn cung cấp thông tin tin cậy cho các đối tƣợng sử dụng. Do đó trong quá trình tổ chức công tác kế toán cần thiết phải nghiên cứu đầy đủ các nguyên tắc, chuẩn mực kế toán hiện hành và thực tiễn tổ chức quản lý để thể hiện và triển khai phù hợp với yêu cầu quản lý của các cấp chủ thể. Đối với các đơn vị sự nghiệp, việc nắm vững các qui định, chế độ về kế toán của Nhà nƣớc trong triển khai các nội dung của tổ chức công tác kế toán là cơ sở đảm bảo tính chính xác và độ tin cậy của thông tin kế toán.
Ba là, đảm bảo sự phù hợp với những đặc thù của đơn vị. Về lý thuyết, đối tƣợng hạch toán kế toán quyết định hệ thống phƣơng pháp cùng hình thức
bộ máy kế toán. Tuy nhiên trong tổ chức công tác kế toán ở từng đơn vị sự nghiệp cụ thể những mối liên hệ này cần đƣợc xem xét theo nhiều chiều khác nhau. Trong một đơn vị sự nghiệp cần tông trọng những quan hệ có tính thống nhất nhƣ: trong mỗi phần hành kế toán cần tổ chức khép kín qui trình kế toán. Theo đó các phƣơng pháp riêng biệt và mối quan hệ giữa chúng phải đƣợc cụ thể hóa thích hợp với từng phần hành cụ thể. Tùy tính phức tạp của đối tƣợng để lựa chọn hình thức kế toán, bộ máy kế toán và xác định các bƣớc của quy trình kế toán thích hợp. Ngƣợc lại khi trình độ cán bộ kế toán đƣợc nâng cao có thể tăng thêm tƣơng ứng mức độ khoa học của phƣơng pháp và hình thức kế toán.
Bốn là, đảm bảo tiết kiệm và hiệu quả. (cân đối giữa chi phí và lợi ích): nguyên tắc này yêu cầu phải đo mức độ lợi ích thông tin cho các đối tƣợng (kết quả đầu ra của hệ thống kế toán) với chi phí cho tổ chức bộ máy kế toán ở qui mô tƣơng ứng thấp nhất có thể. Nhƣ vậy nguyên tắc tiết kiệm nhƣng phải đáp ứng lợi ích tối cao của ngƣời quản lý về hệ thống kế toán đƣợc tổ chức. Nhƣ vậy, mức độ tiết kiệm đƣợc thể hiện và đo lƣờng qua mức độ chi phí vật chất và lao động sống cần có cho hệ thống kế toán. Trên cơ sở tối thiểu hóa chi phí có thể tăng tính kịp thời trong cung cấp thông tin cho ngƣời sử dụng. bên cạnh đó, hiệu quả của tổ chức công tác kế toán đƣợc hiểu là chất lƣợng và tính đầy đủ của thông tin cung cấp cũng nhƣ tính thích hợp và thỏa mãn cao nhu cầu thông tin cho việc ra quyết định của các cấp chủ thể quản lý. Nhƣ vậy, thực hiện nguyên tắc tiết kiệm hiệu quả có nghĩa là phải tổ chức công tác kế toán có tính đối chiếu, kiểm soát nghiệp vụ cao giữa các phần hành lao động, quá trình nghiệp vụ và hoạt động quản lý, chỉ đạo nghiệp vụ trong bộ máy kế toán đƣợc tổ chức.