Thƣớc đo đánh giá hiệu quả của tổ chức hạch toán kế toán đƣợc thể hiện qua kết quả công tác kiểm tra kế toán.
Nông đã nhận thức đƣợc vai trò, ý nghĩa của công tác kiểm tra kế toán nhƣng chƣa tổ chức vận dụng triệt để Quyết định 67/2004/QĐ-BTC về qui chế tự kiểm tra tài chính, kế toán tại các đơn vị có sử dụng kinh phí ngân sách Nhà nƣớc.
không tổ chức bộ phận kiểm tra kế toán riêng mà do các nhân viên kế toán tự kiểm tra trƣớc khi ghi sổ, kế toán trƣởng đảm nhiệm kiểm tra chung, định kỳ trƣớc khi lập báo cáo tài chính. Nội dung thƣờng bao gồm các vấn đề kiểm tra quá trình ghi chép trên các chứng từ, sổ kế toán, lập báo cáo tài chính; kiểm tra trách nhiệm, kết quả
công việc của bộ máy kế toán; kiểm tra các chính sách quản lý tài sản và việc
sử dụng các nguồn kinh phí trong ...
Việc kiểm tra chứng từ thƣờng xuyên đƣợc thực hiện tại Sở, ngoài ra còn tổ chức kiểm tra theo chuyên đề nhƣ: Kiểm tra các hồ sơ thanh toán mua sắm TSCĐ, kiểm tra chứng từ thu chi quỹ phúc lợi của Sở … Sở đã thực hiện tốt công tác kiểm tra chứng từ để phát hiện những chứng từ bất hợp lệ, bất hợp pháp. Tuy nhiên, Sở chủ yếu mới chỉ kiểm tra chứng từ mà chƣa thƣờng xuyên đối chiếu giữa chứng từ với hạch toán trên sổ sách, nên khi có sự nhầm lẫn gây nhiều khó khăn và mất thời gian khi đối chiếu, tổng hợp, cân đối, quyết toán.
Trong tổ chức hệ thống chứng từ, Sở đã đề ra một số quy định nhƣ khi có nghiệp vụ kinh tế phát sinh, các bộ phận có liên quan lập chứng từ gốc qua phê duyệt của trƣởng phòng đó, đến bộ phận kế toán kiểm tra và cuối cùng là phê duyệt giám đốc sở. Tuy nhiên vẫn còn tình trạng chứng từ đƣợc bộ phận thực hiện chuyển trực tiếp cho lãnh đạo Sở phê duyệt trƣớc khi chuyển đến bộ phận kế toán, bỏ qua chức năng kiểm soát của kế toán.
Khâu tổ chức nhân sự trong bộ máy kế toán còn có những tồn tại nên trong việc ghi chép sổ có những hạn chế. Do kế toán tổng hợp kiêm theo dõi công nợ và theo dõi TSCĐ nên không có sự kiểm tra đối chiếu lẫn nhau đối với phần việc này, chủ yếu là tự kiểm tra nên dễ có hiện tƣợng che dấu hành vi sai sót khi có đối chiếu công nợ với bên ngoài hoặc có thể nhầm lẫn mà không phát hiện đƣợc ngay tại khâu này.