Đối với người dân, họ chưa hiểu được một cách sâu sắc, đầy đủ và toàn diện mục đích của việc XD NTM, chưa thấy rõ được lợi ích khi tham gia XD NTM mà chỉ tham gia xây dựng với tâm thế của người thụ hưởng, chờ ban phát hay thậm chí còn có những tư tưởng đối nghịch như cảm thấy làm thay cho Nhà nước.
Công tác tham mưu của cán bộ chuyên môn, cán bộ quản lý của một số đơn vị và địa phương chưa kịp thời, chất lượng chưa cao. Công tác phối hợp và điều hành của một số ngành, địa phương còn thiếu tính đồng bộ, chưa quan tâm đúng mức. Tình hình an ninh chính trị tuy có ổn định, song trật tự an toàn xã hội vẫn còn xảy ra.
Cơ sở hạ tầng nông thôn tuy đã được đầu tư xây dựng nhưng chưa đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội ở nông thôn, nhiều công trình như đường sá, cầu cống, công trình thủy lợi, trường học xuống cấp. Đời sống nông dân ở nông thôn còn nhiều khó khăn, tình trạng thiếu việc làm, thu nhập thấp, công tác giảm nghèo chưa bền vững. Có một số địa phương chạy theo thành tích cho thoát nghèo đối với những hộ còn nhiều khó khăn trong cuộc sống;
Trong các nội dung XD NTM, chỉ mới tập trung cho việc xây dựng cơ sở hạ tầng nông thôn, các nội dung quan trọng khác như phát triển sản xuất, nâng cao thu nhập, giảm nghèo và các nội dung về văn hóa, xã hội, môi trường ít được quan tâm thực hiện và chậm có sự chuyển biến;
Phần lớn lao động ở khu vực nông thôn chưa qua đào tạo nên hạn chế về việc đáp ứng nhu cầu tuyển dụng của các doanh nghiệp. Vì vậy, chủ yếu là cung cấp lao động phổ thông với mức lương rất thấp, thậm chí không đủ trang trải cho cuộc sống của bản thân người lao động; quan trọng hơn việc trình độ lao động thấp còn ảnh hưởng đến việc thúc đẩy sự chuyển dịch lao động từ nông nghiệp sang công nghiệp, dịch vụ cũng như việc áp dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật, công nghệ vào sản xuất;
Sự vào cuộc của hệ thống chính trị thiếu đồng bộ, một số thành viên BCĐ, BQL còn lúng túng trong chỉ đạo tổ chức thực hiện. Nguồn vốn phân khai XD NTM ít, việc huy động sức người và các nguồn lực khác ở nhiều địa phương gặp khó khăn. Nhiều dự án, công trình bức xúc, cần thiết nhưng thiếu kinh phí thực hiện.
Các xã đạt chuẩn NTM giai đoạn 2011 – 2015 là những xã mạnh, có tiềm lực về nhiều mặt, là những xã tiên phong có nhiều thành tích trong các lĩnh vực, do đó việc phấn đấu đạt chuẩn NTM của các xã còn lại sẽ ngày càng trở nên khó khăn hơn.