Đối với các khoản kinh phí không thường xuyên được phân bổ và giao dự toán cho các đơn vị theo nhiệm vụ được giao hàng năm. Các đơn vị có trách nhiệm quản lý, sử dụng, chi tiêu và quyết toán theo quy định của Luật ngân sách Nhà nước và các văn bản hướng dẫn thực hiện đối với từng nguồn kinh phí được giao; không được sử dụng để tính chênh lệch thu chi và trích lập quỹ.
Đối với hoạt động chi thường xuyên các đơn vị được chủ động nguồn tài chính để chi thực hiện chức năng, nhiệm vụ của đơn vị; chi phục vụ cho việc thu phí, lệ phí; chi thực hiện các hoạt động dịch vụ theo quy chế chi tiêu nội bộ đã ban hành hàng năm của đơn vị.
Đối với các khoản chi thường xuyên phát sinh trong bệnh viện có thể chia các nội dung chi trong quy chế chi tiêu nội bộ đơn vị thành các nhóm chi như sau:
- Các khoản chi thanh toán cho cá nhân: Tiền lương, tiền công, phụ cấp lương, các khoản đóng góp theo lương, tiền thưởng, phúc lợi tập thể và các khoản thanh toán khác cho cá nhân theo quy định;
- Chi thanh toán dịch vụ công cộng, chi phí thuê mướn, chi vật tư văn phòng, thông tin, tuyên truyền, liên lạc;
- Chi hội nghị, công tác phí trong nước, chi các đoàn đi công tác nước ngoài và đón các đoàn khách nước ngoài vào Việt Nam;
- Các khoản chi nghiệp vụ chuyên môn: nhóm này bao gồm các khoản chi mua hàng hóa, vật tư dùng cho công tác khám chữa bệnh, trang thiết bị kỹ thuật...Nhóm này phụ thuộc vào cơ sở vật chất và quy mô hoạt động của Bệnh viện. Có thể nói đây là nhóm quan trọng đòi hỏi nhiều công sức về quản lý. Đây là nhóm thiết yếu nhất, thực hiện theo yêu cầu thực tế nên nhà nước ít
khống chế kinh phí nhóm này. Nhóm chi nghiệp vụ chuyên môn có liên hệ chặt chẽ với chất lượng chăm sóc bệnh nhân và mục tiêu phát triển bệnh viện.
- Các khoản chi đặc thù của ngành, chi may sắm trang phục (theo quy định của cơ quan có thẩm quyền);
- Chi mua sắm, sửa chữa tài sản cố định: Có thể nói đây là nhóm chi mà tất cả các bệnh viện đều quan tâm vì nhóm này có thể làm thay đổi bộ mặt bệnh viện và thay đổi công nghệ chăm sóc bệnh nhân theo hướng phát triển từng giai đoạn. Hàng năm, do nhu cầu hoạt động, do sự xuống cấp tất yếu của tài sản cố định dùng cho hoạt động chuyên môn cũng như quản lý nên thường phát sinh nhu cầu kinh phí để mua sắm, trang bị thêm hoặc phục hồi giá trị sử dụng cho những tài sản cố định đã xuống cấp. Các khoản chi của nhóm này thường được sử dụng với các mục tiêu chính: duy trì phát triển cơ sở vật chất, duy trì phát triển tiện nghi làm việc, duy trì và phát triển trang thiết bị, duy trì và phát triển kiến thức, kỹ năng nhân viên.
- Chi khác: bao gồm các khoản chi khác ngoài các nhóm trên. Những khoản chi này khi phát sinh tùy theo tình hình thực tế tại đơn vị sẽ được thủ trưởng đơn vị duyệt chi phù hợp với các quy định của Nhà nước. Bên cạnh đó nhóm chi này còn gồm chi trích lập các quỹ gồm quỹ phúc lợi, quỹ đầu tư phát triển, quỹ khen thưởng, quỹ ổn định thu nhập. Đây là một phần chi rất quan trọng, góp phần quyết định đến hoạt động trong tương lai của đơn vị.
Như vậy, căn cứ vào khả năng tài chính và tình hình thực tế, thủ trưởng đơn vị được quyết định sử dụng một phần kinh phí chi thường xuyên hàng năm và một phần từ quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp để đào tạo, nâng cao trình độ tay nghề của đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức, chi mua sắm các trang thiết bị, sửa chữa lớn nhà cửa, cơ sở hạ tầng để tăng cường năng lực phục vụ và nâng cao chất lượng dịch vụ.
Thực hiện tự chủ về tài chính cho phép các đơn vị được tự quyết định trong kế hoạch sử dụng lao động và quỹ tiền lương. Trong quá trình hoạt động, thủ trưởng đơn vị được quyết định kế hoạch lao động, sắp xếp lại cán bộ viên chức trong tiêu chuẩn biên chế, nhân lực được giao để nâng cao hiệu quả, chất lượng hoạt động của đơn vị, ký hợp đồng theo quy định của pháp luật phù hợp với định mức biên chế do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành. Nhà nước khuyến khích đơn vị sự nghiệp tăng thu, tiết kiệm chi, thực hiện tinh giản biên chế, tăng thêm thu nhập cho người lao động trên cơ sở hoàn thành nhiệm vụ được giao, sau khi thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước; tuỳ theo kết quả hoạt động tài chính trong năm, đơn vị được xác định tổng mức chi trả thu nhập trong năm của đơn vị, trong đó:
- Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được trích quỹ bổ sung thu nhập mà không bị không chế mức trích lập như các loại hình đơn vị sự nghiệp khác, đơn vị tự đảm bảo chi thường xuyên bị khống chế không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do nhà nước quy định; đơn vị tự đảm bảo một phần chi thường xuyên bị khống chế không quá 2 lần, đơn vị do nhà nước bảo đảm chi thường xuyên bị khống chế không quá 1 lần.
- Việc chi trả thu nhập cho người lao động trong đơn vị được thực hiện theo nguyên tắc: người nào có hiệu suất công tác cao, đóng góp nhiều cho việc tăng thu, tiết kiệm chi được trả nhiều hơn.
- Khi nhà nước điều chỉnh các quy định về tiền lương, nâng mức lương tối thiểu; khoản tiền lương cấp bậc, chức vụ tăng thêm theo chế độ nhà nước quy định (gọi tắt là tiền lương tăng thêm theo chế độ nhà nước quy định) do đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm từ các khoản thu sự nghiệp và các khoản khác theo quy định của Chính phủ. Trường hợp sau khi đã sử dụng các nguồn trên nhưng vẫn không bảo đảm đủ tiền lương tăng thêm theo chế độ nhà nước quy
định, phần còn thiếu sẽ được ngân sách nhà nước xem xét, bổ sung để bảo đảm mức lương tối thiểu chung theo quy định của Chính phủ.
Hàng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi (nếu có), đơn vị được sử dụng theo trình tự như sau:
- Trích lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp. Mức trích lập tối thiểu 25% đối với đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, mức 15% đối với đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, mức 5% đối với đơn vị do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên;
- Trích lập Quỹ bổ sung thu nhập. Mức trích quỹ đối với đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư không bị khống chế mức trích. Đối với đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên được trích tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do Nhà nước quy định, không quá 2 lần đối với đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và không quá 1 lần đối với đơn vị do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên;
- Trích lập Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi. Mức trích tối đa không quá 3 tháng tiền lương, tiền công thực hiện trong năm của đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư ; không quá 02 tháng tiền lương, tiền công thực hiện trong năm của đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, không quá 01 tháng tiền lương, tiền công thực hiện trong năm của đơn vị do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên;
- Trích lập Quỹ khác theo quy định của pháp luật;
- Phần chênh lệch thu lớn hơn chi còn lại (nếu có) sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định được bổ sung vào Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp.