a) Với ngân hàng nhà nước
Kho bạc Nhà nước mở tài khoản tại Ngân hàng Nhà nước và các ngân hàng thương mại nhà nước với tư cách một khách hàng, đồng thời tham gia thanh toán như một ngân hàng để phục vụ cho các cấp ngân sách và các đơn vị mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước.
b) Với Ủy ban nhân dân các cấp
Kho bạc Nhà nước địa phương được Ủy ban nhân dân cùng cấp tạo điều kiện để thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn của mình; đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, giám sát của Ủy ban nhân dân cùng cấp.
Kho bạc Nhà nước địa phương có trách nhiệm tham mưu, đề xuất, kiến nghị với Ủy ban nhân dân cùng cấp trong việc tổ chức quản lý, điều hành ngân sách nhà nước và các hình thức, biện pháp huy động vốn trên địa bàn. Thực hiện chế độ thông tin, báo cáo về số liệu thu, chi NSNN và các hoạt động KBNN có liên quan tới Ủy ban nhân dân cùng cấp.
c) Với khách hàng (các đơn vị dự toán)
Kho bạc Nhà nước tạo điều kiện để các tổ chức và cá nhân có quan hệ với NSNN giao dịch được đúng theo quy định của pháp luật (nộp các khoản thu NSNN, thanh toán các khoản chi từ NSNN, ...)
d) Với cơ quan tài chính các cấp
Kho bạc Nhà nước có mối quan hệ phối hợp công tác chặt chẽ với các cơ quan tài chính trên địa bàn (ví dụ, ở cấp tỉnh là Sở Tài chính, tổ chức Thuế, Hải quan, Dự trữ quốc gia) trong việc thu, chi, kế toán, quyết toán NSNN ...
e)Cơ quan kiểm toán nhà nước: Kiểm tra và xác nhận việc chấp hành dự
toán chi NSNN về XDCB của các đơn vị dự toán và việc chấp hành các chế độ, quy định kiểm soát chi NSNN về XDCB tại KBNN