Với giá trị văn hóa đặc sắc, Khu đền tháp Chăm Mỹ Sơn đã được Bộ Văn hóa – Thông tin ra quyết định số 54-VH/QĐ ngày 29.4.1979, công nhận là di tích kiến trúc nghệ thuật. Từ sau ngày tái lập tỉnh Quảng Nam, tháng 01.1997, ngành văn hóa Quảng Nam quyết định thành lập và củng cố bộ máy BQL Di tích và du lịch Mỹ Sơn, tiếp tục phục vụ khách tham quan, đồng thời tiếp tục nghiên cứu xây dựng hồ sơ khoa học đề nghị UNESCO công nhận. Năm 1998, kỷ niệm 100 năm nghiên cứu Mỹ Sơn, một cuộc hội thảo mang tầm quốc gia đã được tổ chức tại Quảng Nam; nhiều vấn đề về bảo tồn và phát huy giá trị di tích Mỹ Sơn đã được các nhà khoa học thảo luận, góp thêm nhiều ý kiến giá trị cho hồ sơ khoa học Mỹ Sơn.
Để xác lập thêm cơ sở khoa học để quản lý tốt hơn khu đền tháp Mỹ Sơn, từ tháng 3.1999, Bộ Văn hóa – Thông tin đã hợp tác với tổ chức Lerici Foundation (Italia) thực hiện dự án Thông tin Địa lý – GIS (Geographie Information System) tại Mỹ Sơn. Khi kết thúc dự án, các nhà khoa học đã cơ bản lập được bản đồ địa hình, vị trí phân bố của các công trình kiến trúc và các phế tích trong thung lũng Mỹ Sơn một cách khá chính xác, theo dõi tình trạng bảo tồn của các tháp, sự tác động của tự nhiên như mưa, lũ, độ ẩm, cây cỏ mọc trên tháp cùng những tác động tiêu cực của con người đối với di tích … từ đó đề xuất một số biện pháp bảo quản cấp thiết cũng nhu1ư các quản lý, bảo vệ, bảo quản kh di tích. Tháng 12.1999, Khu đền tháp Chăm Mỹ Sơn đã được UNESCO công nhận là Di sản văn hóa thế giới. Bên cạnh dự án
Thông tin địa lý, một số dự án hợp tác giữa Việt Nam – UNESCO và Italia cũng đã được thực hiện tại Mỹ Sơn như: Dự án Bảo tồn di sản Mỹ Sơn – gồm ba giai đoạn, thực hiện từ năm 2003 đến 2013, với các nội dung khai quật và tu bổ nhóm tháp G; Thuyết minh và đào tạo ứng dụng các tiêu chuẩn quốc tế về bảo tồn di sản thế giới nhóm tháp G; Phát triển du lịch bền vững trong khu di sản thế giới Mỹ Sơn.
Tháng 6.2002, được sự tài trợ của American Express Company, Trung tâm Bảo tồn Di sản – Di tích Quảng Nam đã phối hợp với Viện Khảo cổ học thực hiện dự án khai quật Khe Thẻ tại Mỹ Sơn.
Tháng 3.2005, Nhà Trưng bày và kho bảo quản hiện vật di tích Mỹ Sơn do chính phủ Nhật Bản tài trợ đã khánh thành. Những hình ảnh, hiện vật trưng bày tại đây giới thiệu một cách tổng quan về quần thể đền tháp tại khu di tích này, cung cấp một số thông tin về việc nghiên cứu và hoạt động bảo tồn khu di tích Mỹ Sơn.
Để tăng cường công tác bảo tồn di sản Mỹ Sơn, Dự án Quy hoạch tổng thể khu tháp Mỹ Sơn giai đoạn 2008-2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1915/QĐ – TTg ngày 30.12.2008. Tổng kinh phí đầu tư là 282 tỷ đồng, bao gồm nguồn vốn từ ngân sách Nhà nước và nguồn tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong nước và quốc tế.
Ngày 26 tháng 8 năm 2016 của UBND huyện Duy Xuyên có Quyết định số 4813/QĐ-UBND thành lập BQL Di sản Văn hoá Mỹ Sơn trên cơ cở tổ chức lại bộ máy BQL Di tích và Du lịch Mỹ Sơn, quyết định có hiệu lực từ ngày 1/9/2016. Việc điều chỉnh bổ sung chức năng, cơ cấu tổ chức đơn vị quản lý khu di sản Mỹ Sơn đáp ứng nhu cầu, nhiệm vụ trong giai đoạn hiện nay, nâng cao vai trò vị thế đơn vị quản lý nhà nước về di sản, giúp cho công tác bảo tồn và phát huy giá trị hoạt động hiệu quả. Sự tiến bộ trong công tác quản lý và phát huy giá trị khu di tích Mỹ Sơn sau 20 năm được công nhận
Di sản Văn hoá Thế giới Mỹ Sơn. Với chương trình hợp tác tu bổ di tích Mỹ Sơn giữa chính phủ Ấn Độ và Việt Nam đang thực thiện xong giai đoàn 2 trùng tu nhóm tháp H và K. Việc tìm kiếm, kêu gọi hợp tác với các nước, các tổ chức quốc tế là cần thiết, tuy nhiên trách nhiệm chính trong việc bảo tồn và phát huy giá trị Di sản văn hoá thế giới Mỹ Sơn vẫn thuộc về Chính phủ và Nhân dân Việt Nam, do đó Nhà nước cần đầu tư thoả đáng và huy động nguồn lực khác để bảo tồn và phát huy giá trị di sản đúng theo Dự án Quy hoạch tổng thể khu đền tháp Mỹ Sơn giai đoạn 2008 – 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Mỹ Sơn đang được sự quan tâm của nhiều nước trên thế giới, trong những năm qua, chính phủ và các tổ chức phi chính phủ các nước Ba Lan, Đức, Italia, Nhật, Mỹ, Ấn Độ đã có những nguồn kinh phí tài trợ cũng như hỗ trợ kỹ thuật cho việc bảo tồn di sản này sắp đến có thể một số nước khác sẽ có kế hoạch giúp đỡ bảo tồn Mỹ Sơn; chúng ta cần tranh thủ tất cả các nguồn tài trợ đó trong công tác bảo tồn và phát huy giá trị di sản.