Để thực hiện có hiệu quảchính sách BHXH theo cơ chế mới, ngày 16/02/1995 Chính phủ ban hành Nghị định số 19/CP thành lập Bảo hiểm xã hội Việt Nam là cơ quan thuộc Chính phủ, trên cơ sở thống nhất các tổ chức Bảo hiểm xã hội ở Trung ương và địa phương thuộc hệ thống Lao động - Thương binh Xã hội và Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam có chức năng nhiệm vụ giải quyết chế độ chính sách, tổ chức thu chi BHXH, bảo toàn, đầu tư tăng trưởng quỹ. Ngay sau khi Bảo hiểm xã hội Việt Nam được thành lập, cùng với hệ thống Bảo hiểm xã hội các tỉnh, thành phố, ngày 04/8/1995 Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam đã ban hành Quyết định số 101/QĐ-BHXH-TCCB thành lập Bảo hiểm xã hội tỉnh Lạng Sơn.
Thực hiện tiến trình cải cách bộ máy của Chính phủ, ngày 24/01/2002 Thủ tướng Chính phủđã có Quyết định số20/2002/QĐ-TTg chuyển Bảo hiểm y tế Việt Nam trực thuộc Bộ Y tế sang Bảo hiểm xã hội Việt Nam. Như vậy, từ thời điểm này Bảo hiểm xã hội Việt Nam có trách nhiệm giúp Chính phủ quản lý quỹ BHXH, BHYT, tổ chức thực hiện chính sách BHXH, BHYT.
Bảo hiểm xã hội tỉnh Lạng Sơn có trụ sở tại: Số 413A đường Bà Triệu - phường Đông Kinh - Thành phố Lạng Sơn, tỉnh Lạng Sơn, có con dấu, tài khoản riêng.
Bảo hiểm xã hội tỉnh Lạng Sơn là cơ quan trực thuộc BHXH Việt Nam đặt tại tỉnh nằm trong hệ thống tổ chức của BHXH Việt Nam, có chức năng giúp Tổng Giám đốc tổ chức thực hiện các chính sách, chế độ BHXH, bảo hiểm y tế (BHYT) và quản lý Quỹ BHXH, BHYT trên địa bàn chịu sự quản lý trực tiếp toàn diện của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam, chịu sự quản lý hành chính trên địa bàn lãnh thổ của UBND tỉnh.
Ở buổi đầu thành lập, BHXH tỉnh có 15 đơn vị trực thuộc gồm BHXH 11 huyện, thị xã và 04 phòng chức năng (Thu, Chế độ Chính sách nay là Chế độ BHXH, Kế hoạch Tài chính và Tổ chức Hành chính) với 63 cán bộ, công chức, viên chức, trong đó chỉ có 03 CBCC có trình độĐại học. Điều kiện cơ sở vật chất hết sức khó khăn, trụ sở làm việc
phải mượn tạm dãy nhà cấp 4 của Sở Lao động Thương binh và Xã hội. Đến năm 1999, tách phòng Kiểm tra ra khỏi phòng TCHC; Năm 2003, thành lập mới phòng Công nghệ thông tin.
Từ tháng 01/2003, thực hiện chuyển giao BHYT sang BHXH, BHXH Lạng Sơn và BHYT Lạng Sơn chính thức trở thành một tổ chức thống nhất trong hệ thống của BHXH Việt Nam. Cùng với đó, hệ thống bộ máy của BHXH tỉnh cũng có sự thay đổi gồm BHXH 11 huyện, thành phố và 08 phòng chức năng (Thu, CĐCS, Bảo hiểm tự nguyện, Giám định y tế, Kiểm tra, Công nghệ thông tin, KHTC và TCHC).
Tháng 7/2007, thực hiện Đề án cơ chế “một cửa” được Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam phê duyệt, bộ máy tổ chức của BHXH tỉnh Lạng Sơn được sắp xếp lại gồm BHXH 11 huyện, thành phố và 09 phòng chức năng (sáp nhập phòng Thu và phòng BH tự nguyện, thành lập 02 phòng mới: Sổ, thẻ và Tiếp nhận&Quản lý hồsơ).
Từ tháng 01/2016 đến nay, cơ cấu tổ chức của BHXH tỉnh Lạng Sơn tiếp tục được Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam sắp xếp lại cho phù hợp, gồm BHXH 11 huyện, thành phố và 11 phòng chức năng (tách phòng Thu thành 02 phòng là Phòng Quản lý thu và Phòng khai thác và thu nợ; tách Phòng Tổ chức-Hành chính thành 02 phòng là Phòng TCCB và Văn Phòng).