- Hội đồng tín dụng: Thành lập từ ngày 08/07/2008, hiện có từ 7 đến 9 thành viên biểu quyết. Nhiệm vụ chính là quyết định về chính sách tín dụng của NHNA; quản lý rủi ro tín dụng trong hệ thống NHNA; xem xét, quyết định các điều kiện tín dụng về hạn mức giao dịch, thời hạn cho vay, tài sản bảo đảm...; xem xét, quyết định việc cơ cấu nợ, chuyển nợ quá hạn, nợ xấu và thu hồi nợ đối với các khoản cấp tín dụng vi phạm điều kiện cấp tín dụng của NHNA; xem xét việc ủy thác, nhận ủy thác cho vay của NHNA; xem xét, quyết định việc miễn giảm lãi cho vay; phê duyệt các biện pháp xử lý nợ; phê duyệt các hồ sơ tín dụng vượt thẩm quyền của Ban tín dụng khu vực; đánh giá, đề xuất HĐQT đối với các khoản xét cấp tín dụng vượt thẩm quyền của Hội đồng tín dụng và các khoản vay không có tài sản bảo đảm.
- Hội đồng đầu tư: Thành lập từ ngày 03/11/2008, hiện có 6 thành viên biểu quyết. Nhiệm vụ chính là xem xét, thẩm định và phê duyệt các trường hợp đầu tư vượt thẩm quyền của Tổng Giám đốc; tham mưu cho HĐQT trong việc ban hành các quy định, chính sách liên quan đến hoạt động đầu tư của NHNA phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ.
- Hội đồng xử lý kỷ luật: Thành lập từ ngày 11/07/2008, hiện có 9 thành viên. Nhiệm vụ chính là xem xét và kiến nghị cho HĐQT, Tổng Giám đốc hình thức xử lý kỷ luật đối với các trường hợp CBCNV NHNA vi phạm kỷ luật lao động theo quy định của pháp luật và quy định của NHNA; tham gia tư vấn giải quyết khiếu tố, khiếu nại liên quan đến các hành vi vi phạm các quy định của cán bộ nhân viên NHNA.
- Hội đồng nhân sự và tiền lương: Thành lập từ ngày 03/11/2008, hiện có 7 thành viên. Nhiệm vụ chính là tham mưu, đề xuất ý kiến cho HĐQT trong việc quyết
định các vấn đề về tổ chức bộ máy nhân sự, quản trị và phát triển nguồn nhân lực, kế hoạch tuyển dụng đào tạo, bồi dưỡng nhân sự, quy chế lương và các chế độ chính sách đối với CBNV NHNA, đảm bảo thực hiện đúng quyền và nghĩa vụ của NHNA và các CBNV theo đúng quy định của pháp luật; xem xét, quyết định các trường hợp nâng, hạ lương ngoài quy định tại Quy chế lương do HĐQT ban hành; xem xét trình HĐQT quyết định chế độ lương của CBNV NHNA theo từng thời kỳ phù hợp với kết quả hoạt động kinh doanh của NHNA; xem xét trình HĐQT quyết định tuyển dụng nhân viên cao cấp; tham mưu cho HĐQT trong việc ban hành các quy định, chính sách liên quan đến nhân sự, tiền lương của NHNA phù hợp với tình hình thực tế từng thời kỳ.
- Hội đồng xử lý tài sản: Thành lập từ ngày 16/09/2009, hiện có 8 thành viên với nhiệm vụ chính là thực hiện tham mưu, đề xuất ý kiến cho Hội đồng Quản trị trong việc tổ chức quản lý, sử dụng, mua bán, chuyển nhượng các tài sản của NHNA; xem xét quyết định phương thức xử lý, giá bán, thời hạn xử lý tài sản của NHNA trên cơ sở đề nghị của Tổng Giám đốc; kiểm tra công tác bảo quản tài sản của NHNA; tham mưu cho HĐQT trong việc ban hành các quy định, chính sách liên quan đến xử lý tài sản của NHNA phù hợp với tình hình thực tế từng thời kỳ.
- Hội đồng xử lý rủi ro: Thành lập từ ngày 27/12/2005, hiện có 9 thành viên với nhiệm vụ chính là xem xét việc phân loại nợ, trích lập dự phòng rủi ro của quý hiện hành do Tổng Giám Đốc thực hiện; xem xét báo cáo tình hình theo dõi, sao kê và thực hiện thu hồi nợ đối với những khoản nợ đã được xử lý rủi ro tín dụng; quyết định xử lý rủi ro và phương án thu hồi nợ; phân loại và quyết định trích lập dự phòng giảm giá các khoản đầu tư tài chính theo quy định.