Ngân hàng Phát triển Việt Nam với đặc thù hoạt động như trên nên chỉ huy động, tiếp nhận vốn của các tổ chức trong và ngồi nước để thực hiện tín dụng đầu tư phát triển và tín dụng xuất khẩu của Nhà nước theo quy định của Chính phủ.
Ngồi vốn điều lệ ban đầu được Chính phủ cấp, Ngân hàng Phát triển Việt Nam phải huy động một lượng vốn khá lớn để phục vụ cho các hoạt
vào nhiệm vụ được Chính phủ giao, kế hoạch hoạt động nghiệp vụ của ngành để cân đối nguồn vốn cho hoạt động nghiệp vụ.
Vốn huy động của Ngân hàng Phát triển Việt Nam chủ yếu là vốn phát hành trái phiếu Chính phủ, huy động tiền gửi tiết kiệm bưu điện, huy động vốn tạm thời chưa sử dụng của Bảo hiểm xã hôi - các nguồn vốn này được Chính phủ chỉ định. Ngồi ra, huy động các nguồn vốn nhàn rỗi của các tổ chức kinh tế khác.
Giai đoạn 2011-2013 và 6 tháng đầu năm 2014, Ngân hàng Phát triển Việt Nam đã triển khai huy động vốn vượt kế hoạch được giao, trong đó năm 2011 đạt 101% kế hoạch và năm 2012 đạt 99.7% kế hoạch, năm 2013 đạt 100% kế hoạch. Đặc biệt, 6 tháng đầu năm 2014, Ngân hàng Phát triển Việt Nam đã huy động được 11,780 tỷ đồng (trong đó phát hành trái phiếu được Chính phủ bảo lãnh là 9,987 tỷ đồng) và 50 triệu USD từ khoản vay SMBC- City cho dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội-Hải Phịng. Cơng tác huy động vốn 6 tháng đầu năm 2014 đáp ứng yêu cầu giải ngân của các dự án và trả các khoản nợ đến hạn, đảm bảo khả năng thanh tốn, khơng phải u cầu có sự hỗ trợ của Nhà nước trong bối cảnh ngân sách chậm tiền cấp bù lãi suất.