Bên cạnh những kết quả đạt được như trên, trong công tác quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất vẫn còn một số hạn chế ảnh hưởng đến kết quả thực hiện như:
- Tiến độ lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất cấp huyện và cả cấp xã tại các kỳ quy hoạch trong thời gian qua cơ bản đều chậm so với quy định. Cấp tỉnh phê duyệt chậm kéo theo cấp huyện, cấp xã cũng chậm, ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện quy hoạch chung của toàn huyện.
- Công tác đăng ký nhu cầu sử dụng đất của chính quyền các cấp và các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình còn mang tính chủ quan, chưa thực tế về diện tích sử dụng cũng như kế hoạch triển khai thực hiện, do vậy đã ảnh hưởng đến kết quả thực hiện, có nhiều dự án đăng ký không phù hợp, khi triển khai lại thiếu diện tích hoặc có dự án đăng ký diện tích sử dụng lớn xong lại chưa triển khai…
- Chất lượng lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất còn hạn chế, chất lượng chưa cao, còn thiếu sót trong quá trình cập nhật thông tin, đặc biệt là thiếu thông tin về hiện trạng sử dụng đất, nhu cầu sử dụng đất của các chỉ tiêu sử dụng đất (diện tích hiện trạng và nhu cầu cần diện tích thiếu tính chính xác) kéo theo tính chính xác của các chỉ tiêu sử dụng đất; việc khâu nối tính đồng nhất giữa quy hoạch các của các ngành, lĩnh vực chưa chặt chẽ.
- Kết quả thực hiện các chỉ tiêu sử dụng đất cũng như kết quả thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được duyệt cũng có những ảnh hưởng về chính sách đất đai, trong quá trình thực hiện kỳ quy hoạch từ năm 2011 đến năm 2015 có sự thay đổi khi Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực thi hành, đồng thời kéo theo một loạt các văn bản hướng dẫn thực hiện kèm theo, điều đó làm thay đổi nhiều việc sử dụng đất của người sử dụng đất, thay đổi về thuế đất, giá đất, phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, điều kiện được giao, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất, đấu giá quyền sử dụng đất…
- Nguồn lực đầu tư của các công trình dự án còn thiếu chủ động và còn gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện, ảnh hưởng đến tiến độ triển khai thực hiện dự án, đồng
nghĩa với việc thực hiện chỉ tiêu sử dụng đất chậm so với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được duyệt.
- Nhiều công trình dự án trong quá trình triển khai còn gặp nhiều khó khăn trong công tác bồi thường giải phóng mặt bằng.
- Trong quá trình quản lý thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất vẫn còn tồn tại tình trạng sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất sai quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được duyệt.