Chi cục Thuế TP. Nha Trang được thành lập từ năm 1990. Trước yêu cầu đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước và yêu cầu hội nhập ngày
càng sâu rộng, Chi cục Thuế sắp xếp bộ máy theo mô hình quản lý theo chức năng để thực hiện Luật quản lý thuế.
Hiện tại, Chi cục Thuế TP. Nha Trang có tổng số 170 cán bộ. Trong đó có 10 người trình độ thạc sĩ, chiếm 6%; 137 người trình độ đại học, chiếm 81%; trình độ trung cấp là 23 người, chiếm 14%. Số lượng và chất lượng lao động về mặt tổng thể cũng như trong từng đội chức năng để đáp ứng được yêu cầu của công việc.
Nghiệp vụ quản lý thuế tại Chi cục Thuế TP. Nha Trang đã thực hiện chủ yếu do các phần mềm hỗ trợ là chính, trước đây Cục thuế sử dụng các phần mềm ứng dụng như: QLT, QLAC, TTR, QLN, TINC, quản lý thuế TNCN… nhưng do nhiều phần mềm mà số liệu từ các phần mềm chưa có phần mềm tổng hợp, được tích hợp số liệu từ các phần mềm riêng lẻ vào, dẫn đến khi có yêu cầu báo cáo số liệu thì đòi hỏi phải thực hiện thủ công, lấy số liệu các phần mềm để báo cáo như số liệu báo cáo các ngành thanh tra, kiểm toán. Từ tháng 8/2015 đã triển khai Ứng dụng TMS hỗ trợ cho công tác quản lý và khai thác dữ liệu.
Tóm lại: Nghiệp vụ quản lý thuế có phần mềm hỗ trợ là chủ yếu, tuy vậy vẫn còn có không ít công việc được thực hiện thủ công. Chẳng hạn, các tiêu thức trong phần mềm không đáp ứng được yêu cầu quản lý, làm cho cán bộ thuế phải lập báo cáo theo phương pháp thủ công theo yêu cầu. Nếu chất lượng lao động đánh giá qua bằng cấp, thì số lao động này hoàn toàn có khả năng đáp ứng yêu cầu của công việc. Tuy nhiên, trong thực tế chỉ có khoảng 70% trong tổng số lao động của đơn vị có thể thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình. Nhìn chung cơ cấu tổ chức bộ máy của Chi cục Thuế TP.Nha Trang là tương đối hợp lý và phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của đơn vị.