Một vấn đề chung của các nước là quy mô của từng Ngân hàng Hợp tác xã cơ sở thường là nhỏ bé hơn, khả năng cạnh tranh nếu tách biệt riêng lẻ là thua thiệt hơn so với các ngân hàng thương mại, nên rất cần thiết phải có một hệ thống liên kết chặt chẽ trong đó nổi bật lên vai trò của một tổ chức đầu mối.
Có nhiều mô hình tổ chức đầu mối khác nhau, từ hiệp hội (các nước trong khu vực như: Thái Lan, Malaysia, Indonesia, Philippines...), liên đoàn (Hàn Quốc, Canada) đến ngân hàng hợp tác (một số nước Châu Âu). Tại một số nước vẫn song song tồn tại các hiệp hội hoặc liên đoàn cùng với Ngân hàng hợp tác (CHLB Đức, Hungary), một số nước chỉ còn Ngân hàng hợp tác là tổ chức đầu mối duy nhất (Rabobank Hà Lan). Kinh nghiệm ở các nước mà hệ thống tín dụng hợp tác phát cho thấy:
Một là, Tầm ảnh hưởng tỷ lệ thuận với vai trò kết dính
Tuy mô hình có thể có những khác nhau nhất định, nhưng ở các nước mà hệ thống tín dụng hợp tác phát triển, một điểm nổi bật có thể dễ dàng nhận thấy là tổ chức đầu mối (Liên đoàn/Hiệp hội/Ngân hàng hợp tác) đều rất mạnh, có tầm ảnh hưởng lớn đối với hoạt động của cả hệ thống.
Tổ chức đầu mối điển hình một hệ thống tín dụng hợp tác có các chức năng: Chức năng hỗ trợ hệ thống: thanh tra giám sát, hợp tác và quan hệ hành chính, phát triển sản phẩm dịch vụ, cung cấp các dịch vụ công nghệ thông tin, dịch vụ thanh toán, huy động nguồn vốn bên ngoài về cho hệ thống, hỗ trợ cho vay điều hòa các quỹ cơ sở, cung cấp các dịch vụ chia sẻ, back - office...; Chức năng bán lẻ trong nước: cho vay cá nhân, doanh nghiệp vừa và nhỏ, bán lẻ trong nước; Chức năng bán buôn cho doanh nghiệp lớn và kinh doanh quốc tế.
Ngân hàng Trung ương và Cơ quan giám sát tài chính quốc gia ủy quyền một phần hoặc toàn bộ cho Tổ chức đầu mối nhiệm vụ thanh tra giám sát các quỹ cơ sở
và lập báo cáo tổng hợp cho cả hệ thống nhưng Ngân hàng Trung ương hoặc Cơ quan thanh tra vẫn có quyền thanh tra đột xuất các đơn vị trong hệ thống khi cần.
Các chỉ tiêu an toàn được đánh giá trên phương diện toàn hệ thống và từng đơn vị. Bộ phận giám sát tuân thủ của Tổ chức đầu mối có nhiệm vụ rất nặng nề đảm bảo sự tuân thủ và an toàn của các đơn vị trong hệ thống.
Tổ chức đầu mối có quyền yêu cầu các quỹ cơ sở cung cấp các thông tin báo cáo theo định kỳ và khi có nhu cầu để phục vụ cho công tác quản trị rủi ro, lập kế hoạch, ra các quyết sách chung đảm bảo hoạt động an toàn hiệu quả; hình thành mảng chăm sóc thành viên với cơ cấu tổ chức mô phỏng sơ đồ tổ chức và hoạt động của các quỹ cơ sở.
Vai trò của tổ chức đầu mối còn thể hiện ở việc thành lập nhiều công ty con trực thuộc như: công ty cho thuê tài chính, công ty bảo hiểm, công quản lý quỹ, công ty quản trị tài sản, công ty chứng khoán...; Tập trung đầu tư mạnh mẽ cho công nghệ thông tin, làm nền tảng cho công tác quản trị điều hành, quản trị rủi ro, phát triển sản phẩm dịch vụ cho cả hệ thống.
Đặc biệt, đây là nơi có nhiệm vụ xây dựng chiến lược phát triển nguồn nhân lực, tổ chức hệ thống cơ sở vật chất và xây dựng chương trình đào tạo cho cả hệ thống và có quyền tham gia ý kiến về nhân sự chủ chốt của các quỹ cơ sở và các đơn vị thành viên trong hệ thống. Kèm theo đó là nhiệm vụ xây dựng thương hiệu, chiến lược marketing cho cả hệ thống.
Hai là, Tự chủ để sáng tạo vì cộng đồng
Các quỹ cơ sở tự chủ, kinh doanh đa năng, bắt rễ chặt vào cộng đồng, xã hội, tập trung vào các mối quan hệ dài hạn với khách hàng, coi mình như là một hợp tác xã của khách hàng. Các quỹ cơ sở ký cam kết chung tuân thủ những quy tắc chung trong hoạt động, giúp đỡ lẫn nhau, tạo nên sức mạnh tổng hợp.
Điều đặc biệt quan trọng ở các mô hình phát triển là bảng báo cáo tài chính được hợp nhất toàn hệ thống. Có như vậy, hệ thống mới có khả năng tập hợp được sức mạnh tài chính đủ để đầu tư phát triển công nghệ, sản phẩm chung, đảm bảo an
toàn, phản ứng nhanh với các biến đổi của thị trường tài chính trong và ngoài nước, có uy tín cao với các tổ chức xếp hạng tín dụng.
về cơ chế tham vấn và ra quyết định của tập đoàn: các quỹ cơ sở gần nhau tham gia vào các ủy ban khu vực. Tiếp đó, tại cấp quốc gia hình thành một ủy ban quốc gia, với đại diện tham gia từ các ủy ban khu vực để quyết đáp các vấn đề do các ủy ban khu vực trình lên. Hằng năm, các quỹ cơ sở tham gia đại hội toàn thể để thông qua báo cáo chung và thông qua một số vấn đề do ủy ban quốc gia trình lên và những vấn đề thuộc thẩm quyền của đại hội toàn thể.
Tại quỹ cơ sở, thành viên hội đồng quản trị bao gồm cả những người do đại hội bầu và những chuyên gia thuê ngoài, đảm bảo tính chuyên môn. Tính hợp tác thể hiện ở sự tham gia thực tế của thành viên, dân chủ, sự độc lập của ban kiểm soát.
về chính sách thành viên, thành viên được hưởng thêm những quyền lợi về sự tham gia, chia sẻ thông tin, thể hiện tính cộng đồng, xã hội, sự ảnh hưởng và kiểm soát đối với hoạt động của quỹ. Tất cả các quỹ cơ sở đều có các tạp chí nội bộ, cung cấp đầy đủ thông tin về hoạt động của quỹ. Thường xuyên tham gia tổ chức các sự kiện của địa phương.
Quỹ cơ sở là các ngân hàng đa năng trên địa bàn, cung cấp nhiều dịch vụ tài chính cho khách hàng: từ những dịch vụ truyền thống đến những dịch vụ đa dạng khác như: cho vay cầm cố, bảo hiểm... Xác định doanh nghiệp vừa và nhỏ là đối tượng mục tiêu quan trọng cần tập trung.
Đối với khách hàng: quỹ cơ sở xây dựng một mối quan hệ rất chặt chẽ, thường xuyên tham vấn trao đổi, mời khách hàng đến quỹ hoặc đến tận nơi, xác định khách hàng là đối tượng phục vụ để cùng nhau phát triển, coi khách hàng là trọng tâm chứ không đặt lợi nhuận lên hàng đầu. Chính vì vậy đã thu hút được nhiều khách hàng từ ngân hàng khác, vượt qua khủng hoảng và vươn lên phát triển bền vững.
Một mô hình tổ chức với những thiết chế nhằm đảm bảo liên kết hệ thống chặt chẽ, giảm thiểu rủi ro, đồng thời phát huy đuợc sức mạnh tổng thể mà vẫn tạo điều kiện cho sự năng động, sáng tạo của từng quỹ cơ sở, với vai trò nổi bật của tổ chức đầu mối, là điều kiện tiên quyết cho sự phát triển an toàn hiệu quả của các hệ thống tín dụng hợp tác. Nếu không đảm bảo đuợc các yếu tố này, sự phát triển của mô hình tín dụng hợp tác sẽ rất manh mún và luôn tiềm ẩn những rủi ro hệ thống rất khó kiểm soát, là nỗi đau đầu thuờng trực cho các nhà quản lý.
Tuy nhiên, thực tế cho thấy, trong quá trình phát triển mô hình tín dụng hợp tác, các nuớc đều phải trải qua những khó khăn, thách thức, các giai đoạn thăng trầm tuơng đối giống nhau. Do triết lý hoạt động mang tính chất không vì mục tiêu lợi nhuận mà để phục vụ thành viên là chính, việc huy động nguồn vốn của các Ngân hàng hợp tác xã trong thời gian ban đầu đều rất khó khăn.
Mặt khác, nhận thức chung của cộng đồng, của Nhà nuớc đối với mô hình tín dụng hợp tác mỗi nơi một khác, chua rõ nét và nhất quán nên cơ chế quản lý, mô hình tổ chức phải qua rất nhiều điều chỉnh trong quá trình hoạt động để phù hợp với nhu cầu, mức độ phát triển.