Bên cạnh những thành quả đạt dược của Agribank Kim Sơn ngoài ra vẫn còn một số tồn tại sau:
+ Quy mô cho vay còn khá khiêm tốn: Là một chi nhánh có quy mô vừa và nhỏ, lại gặp phải sự cạnh tranh thị phần từ các chi nhánh khác hệ thống. Doanh số cho vay vẫn bị phụ thuộc vào hạn mức tín dụng hay phải phụ thuộc vào quy mô nguồn vốn huy động. Đa số khách hàng vẫn là khách hàng truyền thống, vì vậy chi nhánh vẫn chưa phát huy được hết thế mạnh cũng như khả năng của mình.
+ Sản phẩm cho vay chưa đa dạng, vẫn chỉ dừng ở mức chung chung, chưa có sản phẩm mang nét riêng biệt của ngân hàng.
+ Nợ quá hạn, nợ xấu tuy có giảm nhưng vẫn còn tiếp tục xảy ra ở một số chương trình như: Dự án cho vay nuôi tôm, cua các vùng đầm ven biển, và tiềm ẩn ở một số đối tượng cho vay khác.
+ Việc thu lãi đang còn tập trung vào những ngày cuối tháng, chưa dàn đều các ngày trong tháng. Điều đó gây ra việc kéo dài thời gian lao động của một số bộ phận liên quan khác, tạo cho khách hàng một thói quen dồn tiền nộp vào những ngày cuối tháng gây ra xáo trộn trong việc điều hành kiểm tra, giám sát.
+ Cán bộ của ngân hàng chưa đáp ứng được nhu cầu tư vấn cho khách hàng, bởi trình độ chuyên môn nghiệp vụ cán bộ ngân hàng là chưa cao. Phong cách giao dịch của một số giao dịch viên và cán bộ tín dụng còn chưa chuyên nghiệp, xuất hiện tình trạng cho vay theo quan hệ quen biết, thực hiện công việc còn chậm, còn nhiều sơ xuất.