Quản lý thu thuế là hoạt động quản lý của nhà nước mà cơ quan thuế là đại diện để hướng dẫn, quản lý, giám sát việc thực thi pháp luật về thuế đối với cá doanh nghiệp tạo điệu kiện cho doanh nghiệp phát triển, mở rộng sản xuất kinh doanh và tăng thu ngân sách nhà nước. Quản lý thu thuế chính là tổ chức thực hiện các pháp luật về thuế bao gồm các cơ quan nhà nước, người nộp thuế và đối tượng quản lý thu thuế. Cơ quan thuế thi hành thực hiện quản lý thu thuế theo quy định của pháp luật hiện hành và cụ thể hóa theo các quy trình nghiệp vụ ở từng khâu quản lý thu thuế.
Đối với cán bộ công chức (CBCC) thuế, quản lý thu thuế nói chung và quản lý thu thuế DNVVN nói riêng bao gồm 3 hoạt động riêng biệt, liên tiếp nhau: xác định đối tượng nộp thuế, xác định số thuế phải nộp và thu thuế. Chức năng chủ yếu của quản lý ở đây là kiểm soát sự tuân thủ và áp dụng các khoản phạt theo luật thuế để răn đe những đối tượng nộp thuế vi phạm. Đồng thời, quản lý thu thuế cũng đảm bảo bên thứ ba có giao dịch mua bán hay cung cấp dịch vụ với đối tượng nộp thuế phải báo cáo đầy đủ, trung thực các giao dịch kinh tế có phát sinh thuế nộp ngân sách nhà nước theo qui định của luật pháp.
Đối với một cơ quan thuế, quản lý thu thuế hay quản lý thu thuế đối với DNVVN là một quá trình giống như quá trình sản xuất. Trong đó, đầu vào gồm nhân công (cán bộ công chức thuế), tài liệu và các thông tin, còn đầu ra là số thu cho Nhà nước và sự công bằng cho người nộp thuế.
Quản lý thu thuế đối với DNVVN bao gồm các hoạt động: hoạch định mục tiêu, phân cấp quản lý, xây dựng và ban hành qui trình thủ tục, đề ra giải pháp tổ chức thực hiện và kiểm tra, thanh tra, sắp xếp tổ chức bộ máy và nhân sự để thực hiện các khâu công việc.