Chính sách thuế thường xuyên thay đổi và chưa có sự quy định rõ ràng nên vẫn có nhiều ý kiến được tranh luận trong quá trình thực hiện. Đặc biệt là việc giãn, giảm, gia hạn nộp thuế các doanh nghiệp còn vướng mắc nhiều.
Công tác quản lý thuế ở một số địa bàn, khu vực còn chưa thực sự đáp ứng được yêu cầu; một bộ phận cán bộ công chức trong quá trình thực hiện nhiệm vụ tinh thần trách nhiệm chưa cao, chưa tích cực dẫn đến chất lượng công tác còn hạn chế.
Sự phối hợp giữa cơ quan thuế với các cơ quan chức năng đôi khi còn chưa đồng bộ, nhịp nhàng, còn có sự chồng chéo trong cách quản lý.
chưa kết nối được thông tin về NNT giữa các phần mềm quản lý dẫn đến việc liên kết thông tin quản lý đối tượng nộp thuế chưa được thực hiện đồng bộ, thường xuyên, từ đó tạo ra khó khăn trong việc quản lý doanh nghiệp.
Công tác kiểm tra thuế tại bàn (tại cơ quan thuế) chưa phát hiện được nhiều gian lận, sai sót mà phải đến khi kiểm tra tại trụ sở NNT hoặc phúc tra hồ sơ kiểm tra hoặc khi kiểm toán mới phạt hiện được. Nghiệp vụ kiểm tra đơn thuần chưa có sự đổi mới và thiếu tính chuyên nghiệp chủ yếu là dựa theo thói quen dẫn đến không kịp thời về thời gian, gây khó khăn cho doanh nghiệp. Công tác xác minh hóa đơn thường chậm do trả lời xác minh của các cơ quan thuế và mới chủ yếu xác minh hóa đơn có giá trị từ 20 triệu trở lên.
Một số doanh nghiệp chưa chấp hành tốt chính sách thuế mà nổi bật là: Số thuế nợ của doanh nghiệp ngày càng tăng, số lượng doanh nghiệp nợ thuế tăng mạnh; Số liệu qua kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp và kiểm tra tại bàn cho thấy nhiều lỗi vi phạm nghiêm trọng, đặc biệt là việc gian lận, trốn thuế, lách thuế.
Số thuế nợ của các DNVVN trên địa bàn có xu hướng ngày càng tăng cả về số lượng doanh nghiệp và số thuế nợ. Điều này cũng cho thấy công tác quản lý đôn đốc thu nợ thuế ở Chi cục chưa đạt hiệu quả cao, số lượng doanh nghiệp phát sinh nợ mới do Chi cục chưa quản lý triệt để ngay từ khi kê khai.
Hiện nay việc kê khai thuế phát triển rất mạnh, doanh nghiệp có thể thực hiện kê khai qua mạng, tuy nhiên trình độ, năng lực của một số cán bộ tại Chi cục thuế vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu mới. Việc tập huấn, trao đổi thông tin cho cán bộ thuế còn ít và chưa chất lượng. Chưa có sự phối hợp chặt chẽ, đồng bộ giữa các bộ phận chức năng nên còn xảy ra tình trạng số liệu theo dõi không thống nhất giữa các bộ phận, đặc biệt là số lượng doanh nghiệp, số nợ thuế và xác định tình trạng nợ thuế. Từ đó, gây khó khăn cho công tác chỉ đạo điều hành cũng như công tác phân tích tình trạng chấp hành nghĩa vụ thuế của đối tượng nộp thuế.