Những thay đổi nucleotide tạo ra một mã kết thúc sớm (PTC) là các đột biến phổ biến nhất được thấy trong PAX6. Đột biến vô nghĩa, dịch khung, và phá vỡ điểm cắt nối dẫn đến chèn một mã kết thúc sớm chiếm 65-70% tổng số đột biến gen PAX6 (hình 1.4A). Bệnh nhân với đột biến PTC có xu hướng biểu hiện kiểu hình khuyết mống mắt cổ điển [49].
Đầu tiên người ta nghĩ rằng các đột biến với mã kết thúc sớm sẽ tạo ra các protein bị cắt ngắn và tạo ra một ảnh hưởng âm tính trội. Tuy nhiên, hiện nay người ta chấp nhận rằng các bản phiên mã mRNA chứa mã kết thúc sớm nằm trước mối nối exon cuối cùng 50 bp có thể bị phân huỷ theo cơ chế Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) [51]. Vì vậy, đối với trường hợp đột biến PTC dị hợp tử sẽ dẫn đến phân huỷ các bản phiên mã bị đột biến và mức độ protein giảm 50% [49]. Có 4 đột biến PTC đặc biệt chiếm tới 20% tất cả các loại trong cơ sở dữ liệu bao gồm: c.607C>T, p.Arg203* (exon 8);
18
c.718C>T, p.Arg240* (exon 9); c.781C>T, p.Arg261* (exon 10), và, c.949C>T, p.Arg317* (exon 11) [49]. Những đột biến này nằm trong các đảo CpG được methyl hoá thuộc exon 8-13, và tạo thành điểm nóng đột biến với bệnh khuyết mống mắt.
Vẫn chưa có bằng chứng về cơ chế NMD hoạt động trên các bản phiên mã của PAX6 chứa đột biến PTC mà nằm cuối đầu 3’ của gen [50]. Một số tác giả cho rằng PTC trong vùng này sẽ thoát khỏi cơ chế NMD và chúng tạo ra một sản phẩm protein cắt ngắn gây ra ảnh hưởng âm tính trội và kiểu hình nghiêm trọng hơn [52]. Tuy nhiên, đột biến tạo mã kết thúc sớm trong vùng này rất hiếm khi xảy ra. Thật vậy, không có đột biến vô nghĩa nào trong 50 nucleotide cuối của exon 12 và exon 13 được báo cáo ngoại trừ c.1183G>T (p.Gly395*). Điểm đột biến này nằm tại vị trí nucleotide cuối cùng của exon 12. Tuy nhiên, người ta cho rằng đột biến gây sai lệch trong cắt nối ARN [53], và tất cả các sản phẩm đều dẫn tới kéo dài dịch mã tới đầu C [50].