Hiện nay, quy định của Pháp luật Việt Nam liên quan đến việc xử lý vi phạm hành chính trong vi phạm quyền sở hữu công nghiệp đối với NHTT đã
được hoàn thiện và tương đối đầy đủ nhưng khi áp dụng vẫn cịn có tình trạng nể nang, khơng triệt để. Có thể dẫn chứng như trường hợp nêu trên, khi đoàn kiểm tra liên ngành của UBND huyện Lý Sơn phát hiện vi phạm, Theo bà Phạm Thị Hương - Phó Chủ tịch UBND huyện Lý Sơn, qua kiểm tra đã nhắc nhở và cho chủ cơ sở kinh doanh tỏi ký cam kết khơng trộn lẫn tỏi, phải có nhãn mác rõ ràng nếu kiểm tra đột xuất, nếu phát hiện vi phạm sẽ xử phạt [29].
Như vậy hình thức ký cam kết này chưa đủ tính răn đe đối với cá nhân vi phạm, cũng chưa đúng quy định. Nhưng điều đáng nói, tình trạng chung đối với các hộ xã viên trong các hợp tác xã, trong hội nông dân các xã là thành viên của chủ sở hữu NHTT thu nhập thực tế từ những vi phạm này nếu áp dụng quy định của pháp luật có thể ảnh hưởng khơng nhỏ tới cuộc sống của họ. Lấy ví dụ từ củ tỏi Lý Sơn vì mặt hàng trên có một số đển hình của các sản phẩm nơng nghiệp đã có nhãn hiệu tập thể: Đó là: Giá trị kinh tế cao khi có nhãn hiệu. Dễ dàng trà trộn vì hình dáng, trọng lượng khơng khác biệt so với trồng ở nơi khác. Khó dán tem chống hàng giả đó là đặc thù của hàng nơng sản nói chung.
Thông thường chủ sở hữu NHTT phát hiện hành vi xâm phạm của cá nhân, tổ chức đối cơ quan có thẩm quyền giải quyết thuộc về tổ chức sở hữu, q trình giải quyết hành chính cịn kéo dài, trong q trình giải quyết chủ sở hữu NHTT có thể vẫn bị xâm phạm ví dụ: Nhãn hiệu tập thể cua Năm Căn – Cà Mau đã được cấp văn bằng bảo hộ NHTT, chủ sử dụng là Hội thủy sản huyện Năm Căn (Cà Mau) được cấp năm 2015. Đến năm 2017, Hợp tác xã G.V.H.B cua biển Năm Căn (Cà Mau) thành lập vào cuối năm 2017. Treo bảng hiệu “cua biển Năm Căn – Cà Mau” ở khóm Cái Nai, thị trấn Năm Căn, huyện Năm Căn. Tháng 1/2018, Chủ tịch hội thủy sản huyện Năm Căn đã có đơn gửi sở Khoa học cơng nghệ tỉnh Cà Mau và các cơ quan liên quan giải quyết việc Hợp tác xã G.V.H.B cua biển Năm Căn (Cà Mau) xâm phạm nhãn
hiệu tập thể. Sở khoa học công nghệ tỉnh Cà Mau trả lời cho rằng thời điểm nhận đơn Hợp tác xã G.V.H.B cua biển Năm Căn (Cà Mau) chưa phát sinh hoạt động sản xuất kinh doanh (có treo bảng). Do đó chưa có hành vi gây nhầm lẫn hoặc tương tự với nhãn hiệu được bảo hộ. Đến tháng 9/2018 khi đơn vị trên đi vào hoạt động kinh doanh, Hội thủy sản huyện Năm Căn đã cung cấp các chứng cứ, yêu cầu các cơ quan có thẩm quyền giải quyết tranh chấp. Đến 26/6/2019 việc tranh chấp trên chưa được giải quyết triệt để…
Khác với nhãn hiệu thông thường, chủ thể xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp đối với NHTT thường lại chính là chủ sở hữu của NHTT. Khi họ được sử dụng nhãn hiệu tập thể họ lại là người sản xuất nên việc xử lý các hành vi của họ là khó do họ có thể chứng minh được mình là người sản xuất và khơng thể xác định được sản phẩm thông qua kiểm định chất lượng.
Theo pháp luật Việt Nam, có nhiều cơ quan Nhà nước được trao quyền thực hiện các biện pháp xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực sở hữu trí tuệ nói chung và vi phạm hành chính đối với các hành vi vi phạm liên quan đến NHTT nói riêng.
Thực tiễn cho thấy hầu hết các vụ xâm phạm quyền SHCN đều được xử lý bằng biện pháp hành chính và tập trung chủ yếu vào đối tượng hàng nhái, hàng giả về nhãn hiệu và hàng xâm phạm kiểu dáng cơng nghiệp. Hình thức xử phạt được áp dụng chủ yếu là phạt cảnh cáo, phạt tiền và tịch thu hàng hóa giả mạo về nhãn hiệu.
Trong giai đoạn từ năm 2006 đến năm 2016, các cơ quan Quản lý thị trường trong cả nước đã tiến hành xử phạt vi phạm hành chính đối với 179.857 vụ có liên quan đến hàng giả, hàng xâm phạm quyền SHTT, với tổng số tiền xử phạt là 591.720.045 đồng. Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ đã tiến hành 386 vụ thanh tra trong lĩnh vực SHCN, xử phạt hành chính đối với 269 vụ, với mức tiền phạt là 7.700.000.000 đồng [12, tr. 8].
Báo cáo trên cũng chỉ ra rằng: Thực trạng số lượng các vụ tranh chấp, yêu cầu xử lý hành vi xâm phạm quyền SHTT tăng lên hằng năm đã chứng tỏ các chủ thể quyền SHTT khơng chỉ quan tâm đến việc đăng ký mà cịn thực sự quan tâm đến việc bảo vệ quyền của mình, điều này cũng cho thấy nhận thức về SHTT của tất cả các giới trong xã hội đã ngày càng được cải thiện.
Theo quy định tại Nghị định số 99/2013/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực sở hữu cơng nghiệp, trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đơn, cơ quan chức năng cần tiến hành xem xét đơn yêu cầu xử lý xâm phạm và các chứng cứ kèm theo. Nếu đơn đáp ứng yêu cầu, Cơ quan chức năng thông báo cho tổ chức, cá nhân yêu cầu xử lý vi phạm về dự định thời gian, thủ tục và biện pháp xử lý. Chủ thể quyền có thể được yêu cầu hợp tác, hỗ trợ trong thanh tra, kiểm tra, xác minh và xử lý vi phạm. Trong quá trình xem xét xử lý đơn, Cơ quan chức năng có thể yêu cầu bên bị cho là vi phạm cung cấp thơng tin, chứng cứ, giải trình; u cầu Cục Sở hữu trí tuệ cho ý kiến chun mơn hoặc hoặc trưng cầu giám định để xác định yếu tố vi phạm.
Nếu hành vi vi phạm được xác định, tổ chức/cá nhân vi phạm có thể bị phạt tiền; đình chỉ có thời hạn hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ vi phạm; buộc loại bỏ yếu tố vi phạm trên hàng hóa, phương tiện kinh doanh hoặc tiêu hủy hàng hóa, phương tiện kinh doanh vi phạm…