Năm 1988, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam thành lập cùng với đó là chi nhánh tỉnh Hà Nam Ninh ra đời, khi đó là hợp nhất của ba đơn vị hành chính là: tỉnh Hà Nam, tỉnh Nam Định và tỉnh Ninh Bình.
Năm 1991, kỳ họp thứ 9 Quốc Hội khóa VIII ra nghị quyết chia tỉnh Hà Nam Ninh để tái lập tỉnh Nam Hà và tỉnh Ninh Bình. Theo đó ngân hàng NHNo&PTNT Hà Nam Ninh được tách ra thành Chi nhánh Nam Hà và Ninh Bình.
Cuối cùng vào năm 1996, NHNo&PTNT chi nhánh tỉnh Nam Định chính thức đi vào hoạt động sau khi Quốc Hội ra Nghị quyết tách tỉnh Nam Hà thành hai tỉnh: Hà Nam và Nam Định.
Là một trong 4 ngân hàng thương mại quốc doanh lớn trên địa bàn tỉnh, Agribank chi nhánh tỉnh Nam Định có tổ chức mạng lưới rộng khắp các huyện, thành phố trong toàn tỉnh. Từ một chi nhánh mới tái lập còn nhiều khó khăn: thiếu vốn, dư nợ thấp, chi phí kinh doanh cao, nợ quá hạn lớn, cơ sở vật chất kỹ thuật lạc hậu, số cán bộ công nhân viên chức đông nhưng trình độ nghiệp vụ còn hạn chế, tổn thất rủi ro cao. Song nhờ sự cố gắng nỗ lực, sáng tạo quyết tâm đổi mới, Agribank chi nhánh Nam Định đã thực sự khẳng định mình và đứng vững trước sự khắc nghiệt của cơ chế thị trường.
Agribank luôn chú trọng đầu tư đổi mới và ứng dụng công nghệ ngân hàng phục vụ đắc lực cho công tác quản trị kinh doanh và phát triển màng lưới dịch vụ ngân hàng tiên tiến. Với hệ thống IPCAS (Hệ thống thanh toán và kế toán khách hàng) đã được hoàn thiện, Agribank đủ năng lực cung ứng các sản phẩm, dịch vụ ngân hàng hiện đại, với độ an toàn và chính xác cao đến mọi đối tượng khách hàng trong và ngoài nước.
Để khắc phục những khó khăn về thị trường tín dụng, dưới sự chỉ đạo của NHNo&PTNT Việt Nam, Agribank chi nhánh Nam Định đã chuyển hướng đầu tư sang lĩnh vực nông nghiệp và nông thôn. Đối tượng khách hàng là các hộ sản xuất, vì vậy thị trường đầu tư rộng khắp các địa bàn ở tất cả các xã, thị trấn trong toàn tỉnh.
Vốn dành cho thị trường này chiếm tới 90%, tuy nhiên Agribank chi nhánh Nam Định vẫn không ngừng mở rộng việc cho vay ở mọi thành phần kinh tế như các doanh nghiệp, tổ hợp, hợp tác xã làm ăn có hiệu quả. Trên cơ sở đó không ngừng mở rộng thị trường kinh doanh, tạo đà phát triển trong cạnh tranh cho những năm tiếp theo.