Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn được thành lập theo Nghị định số 206/TC-NĐ ngày 10/09/1953 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trong 02 cuộc chiến tranh chống Pháp và chống Mỹ, Cục HQLS đã thực hiện tốt nhiệm vụ thông quan, tiếp nhận sự giúp đỡ của các nước Xã hội chủ nghĩa anh em, đóng góp tích cực vào việc hỗ trợ kịp thời cho tiền tuyến. Lạng Sơn trở thành “cảng nổi”, “điểm giải tỏa hàng hóa sôi động” của cả nước.
Năm 1992, với chính sách mở cửa, hội nhập của đất nước, với việc bình thường hóa quan hệ 2 nước Việt Nam- Trung Quốc, hoạt động xuất nhập khẩu ở biên giới Việt- Trung trở nên nhộn nhịp, sôi động hơn. Nhiệm vụ của Cục HQLS trở nên nặng nề. Thực hiện chương trình cải cách hành chính của Chính phủ, Cục HQLS đã kiện toàn tổ chức bộ máy, tăng cường cán bộ có trình độ đạo đức và tinh thông nghiệp vụ, không ngừng cải tiến quy trình, thực hiện hiện đại hóa hải quan để hoàn thành tốt hơn nhiệm vụ mà ngành đặt ra trong tình hình mới.
Qua hơn 60 năm phấn đấu xây dựng và phát triển, Cục HQLS đã vinh dự được các cấp ghi nhận những thành tích với nhiều phần thưởng xứng đáng. Trong đó, phần thưởng cao quý nhất là Cờ thi đua của Chính phủ năm 2009, Huân chương Lao động Hạng III do Chủ tịch nước trao tặng năm 2011. Đạt được kết quả trên, ngoài sự cố gắng, nỗ lực của Lãnh đạo và cán bộ, công chức Cục HQLS còn nhờ sự
quan tâm chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ Tài chính, Tỉnh Ủy, HĐND, UBND tỉnh Lạng Sơn và của Tổng cục Hải quan; sự hỗ trợ giúp đỡ của các đơn vị trong ngành Hải quan, của các Sở, Ban, Ngành tại địa phương.