Cùng với sự ra đời của Quận 12 vào tháng 04 năm 1997, nhằm mục đích tạo điều kiện cho người dân trên địa bàn có nguồn vốn ổn định để từ đó xây dựng cở sở hạ tầng phát triển kinh tế xã hội cho quận, Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Quận 12 được thành lập theo Quyết định số 391/QĐ -NHNo- 02 ngày 08 tháng 07 năm 1998 của Tổng Giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam. Theo quyết định này, chi nhánh NHNo & PTNT Quận 12 là một chi nhánh trực thuộc, có con dấu riêng và tổ chức hoạt động theo điều lệ, quy chế của NHNo & PTNT Việt Nam.
Ngày 14 tháng 01 năm 2002, Chủ tịch Hội đồng quản trị Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam ban hành Quyết định số 09/QĐ/HĐQT- TCCB về việc: chuyển Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Quận 12, Thành phố Hồ Chí Minh lên chi nhánh phụ thuộc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam (chi nhánh cấp I, loại II trong hệ thống tổ chức và điều hành của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam); đồng thời đổi tên thành Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Quang Trung và đến tháng 10/2007 đổi tên thành Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Tây Sài Gòn. Đến tháng 01/2009 Chi nhánh đã được xếp hạng là Chi nhánh cấp I hạng I.
Thời gian đầu thành lập (năm 1998) toàn chi nhánh chỉ có 28 cán bộ công nhân viên đến nay chi nhánh đã thực sự trưởng thành với 92 cán bộ công nhân viên.