UBND quận là cơ quan chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Quận uỷ, cơ quan chấp hành của HĐND và là cơ quan HCNN ở địa phƣơng, chịu sự kiểm tra, giám sát của HĐND và Uỷ ban MTTQ cùng cấp. Để thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo luật định, ngay trong kỳ họp đầu tiên của HĐND quận Hoàn Kiếm đã bầu UBND quận gồm 9 thành viên và phân công nhiệm vụ cụ thể cho các uỷ viên UBND quận, đảm bảo nguyên tắc làm việc theo chế độ tập thể, mỗi thành viên UBND chịu trách nhiệm cá nhân về những công việc đƣợc phân công phụ trách. Cơ cấu tổ chức của UBND quận Hoàn Kiếm đƣợc tổ chức, phân công theo Điều 27 Luật tổ chức chính quyền địa phƣơng số 77/2015/QH13 bao gồm: 01 Chủ tịch, 03 Phó chủ tịch và 06 ủy viên.
Theo quy định và sự phân công, Chủ tịch UBND quận phụ trách chung, trực tiếp phụ trách công tác cán bộ, công tác nội chính và chịu trách nhiệm điều hành hoạt động trên các mặt công tác nhƣ Điều 3 Quy chế làm việc của UBND quận Hoàn Kiếm nhiệm kỳ 2011 - 2015 ban hành kèm theo Quyết định số 03/2011/QĐ-UB ngày 21/5/2011.
Phó Chủ tịch UBND quận phụ trách khối kinh tế, đô thị, nhà đất chịu trách nhiệm trƣớc UBND quận giải quyết các mặt công tác về nhà đất, giao thông, đô thị, công trình công ích, chỉ đạo phát triển kinh tế quốc doanh, ngoài quốc doanh trên địa bàn quận
Phó Chủ tịch UBND quận phụ trách khối văn hoá - xã hội, y tế, thể dục thể thao, chính sách xã hội và các lĩnh vực xã hội khác chỉ đạo, phối hợp các hoạt động của UBND với các ngành, đoàn thể. Phó Chủ tịch UBND quận phụ trách khối văn hoá - xã hội, y tế, thể dục thể thao, chính sách xã hội thay mặt Chủ tịch UBND quận điều hành một số lĩnh vực cụ thể.
Mỗi thành viên UBND quận chịu trách nhiệm về công tác chuyên môn căn cứ vào chức danh, nhiệm vụ đƣợc bổ nhiệm trƣớc HĐND và UBND và
chịu trách nhiệm trƣớc cơ quan nhà nƣớc cấp trên về chế độ, trách nhiệm đã đƣợc Luật cán bộ, công chức năm 2008 quy định.
Thực hiện quyết định của UBND thành phố Hà Nội, UBND quận Hoàn Kiếm đã tổ chức sắp xếp lại các phòng chuyên môn trực thuộc UBND quận có chức năng quản lý nhà nƣớc gồm 12 phòng với biên chế là 139 ngƣời: Văn phòng HĐND và UBND; Phòng Nội vụ; Phòng Tƣ pháp; Phòng Thanh tra; Phòng Tài nguyên và Môi trƣờng; Phòng Quản lý đô thị; Phòng Kinh tế; Phòng Tài chính - Kế hoạch; Phòng Văn hoá và Thông tin; Phòng Lao động - Thƣơng binh và Xã hội; Phòng Giáo dục và đào tạo; Phòng Y tế.
Sau khi bầu UBND quận, để thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo luật định, ngay từ đầu nhiệm kỳ UBND quận Hoàn Kiếm đã xây dựng và thông qua quy chế, quy định về phƣơng thức làm việc, chế độ trách nhiệm của các thành viên của UBND và hoạt động của UBND quận.
UBND quận thảo luận và quyết định tập thể những nội dung theo Điều 124 Luật Tổ chức HĐND và UBND:
- Chƣơng trình làm việc của UBND quận;
- Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, dự toán ngân sách hàng năm và quỹ dự trữ của quận trình HĐND quận quyết định.
- Các biện pháp thực hiện Nghị quyết của HĐND về phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo an ninh, quốc phòng.