Để hoàn thiện quy trình kiểm soát chi thường xuyên, kho bạc có thể chuyển từ hình thức kiểm soát chi toàn bộ các khoản chi sang hình thức,tập trung kiểm soát các khoản chi NSNN có mức độ rủi ro cao. Với nguồn lực có hạn thì hệ thống KBNN nói chung và KBNN Tây Hồ nói riêng không thể kiểm soát toàn bộ được các khoản chi thường xuyên NSNN mà cần phải kiểm soát có trọng điểm. Do đó, cần phải chuyển từ cơ chế KSC toàn bộ các khoản chi NSNN sang kiểm soát theo mức độ rủi ro trong chi thường xuyên (rủi ro ở đây là mức độ thất thoát, lãng phí NSNN). Việc kiểm soát như trên sẽ tạo điều kiện kiểm soát thanh toán nhanh các khoản chi NSNN, tránh phiền hà cho đơn vị sử dụng ngân sách. Đồng thời, tránh sự kiểm soát trùng lắp của người chuẩn chi (Thủ trưởng và Kế toán trưởng của đơn vị sử dụng ngân sách) và cán bộ KSC KBNN.
Để thực hiện việc kiểm soát theo mức độ rủi ro, cần phân tích mức độ rủi ro các khoản chi thường xuyên NSNN và xếp thứ tự từ cao xuống thấp và có thể phân nhóm như sau:
- Rủi ro cao: các khoản chi có giá trị lớn như xây dựng, cải tạo trụ sở, mua sắm hàng hóa, tài sản, sửa chữa lớn tài sản cố định.
- Ít rủi ro: Các khoản chi công tác chuyên môn, văn phòng phẩm, điện nước, tiền lương, phụ cấp...
Khi đã xác định mức độ rủi ro, cần có các cơ chế kiểm soát cho phù hợp với từng loại. Đối với các khoản chi NSNN rủi ro cao cần phải kiểm soát tất cả các khoản chi đó, đối với các khoản chi NSNN ít rủi ro thì cần kiểm soát chọn mẫu hoặc thanh toán trước kiểm soát sau.
Việc đánh giá mức độ rủi ro của các khoản chi NSNN là công việc rất phức tạp cần phải có một tiêu thức phân loại phù hợp cho từng ngành, từng đơn vị sử dụng ngân sách. Việc thay đổi này cần phải có một cơ chế pháp lý để thực hiện, trong đó phải xây dựng cơ chế kiểm soát có sự phân công trách nhiệm rõ ràng giữa KBNN và người chuẩn chi đối với từng khoản chi NSNN. Nếu chuyển qua cơ chế kiếm soát này chắc chắn thời gian thanh toán các khoản chi sẽ giảm xuống, đối với những khoản chi mà KBNN không kiểm soát thì tính hiệu quả và tính hợp pháp của khoản chi đó do thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách chi chịu trách nhiệm.
Ngoài ra, giải pháp tiếp theo để hoàn thiện quy trìnhkiểm soát chi thường xuyênNSNN là kiểm soát chi theo kết quả đầu ra nhằm khắc phục những hạn chế của hình thức kiểm soát chi theo dự toán. Cụ thể như sau:
Kiểm soát chi NSNN theo kết quả đầu ra là một phương thức cấp phát NSNN tiên tiến, mới được áp dụng ở một số nước, hoặc một số khoản chi đặc biệt. Theo đó, Nhà nước không can thiệp vào việc sử dụng các khoản kinh phí NSNN đã cấp cho các cơ quan đơn vị, mà chỉ quan tâm đến hiệu quả sử dụng các nguồn kinh phí đó, tức là chỉ quan tâm đến kết quả đầu ra của các chương trình, mục tiêu đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Có nghĩa là nguồn kinh phí sẽ được cấp cho các trường THCS, tạo điều kiện cho đơn vị tự chủ động chi trong dự toán được giao. Hạn chế quy trình này là trách nhiệm về quản lý tài chính tập trung toàn bộ ở thủ trưởng đơn vị, dễ dấn đến việc cá nhân lạm dụng chức quyền mưu lợi cá nhân, gây lãng phí nguồn lực của nhà nước,thất thoát tiền, tài sản của nhà nước, trong lúc không bảo đảm được số lượng, chất lượng công việc đã cam kết.
Hiện nay các căn cứ vào tình hình thực tế gặp nhiều khó khăn trong việc xây dựng các tiêu chí và chuẩn mực để kiểm soát, đánh giá các hoạt động nói chung và việc thực hiện nhiệm vụ được giao nói riêng đối với cơ quan, đơn vị được giao thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Các cơ quan, đơn vị cũng đang gặp khó khăn trong việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ của mình nên công tác quản lý, kiểm soát, giám sát trong nội bộ từng cơ quan và đơn vị cũng nảy sinh nhiều vấn đề bất cập.
Vì vậy trước mắt chỉ nên áp dụng phương thức cấp phát NSNN theo “kết quả đầu ra” đối với một số khoản chi cho các dịch vụ công cộng như an ninh trật tự, chống các tệ nạn xã hội, các chương trình giáo dục, y tế, vệ sinh môi trường …