Các biện pháp làm đất làm thay đổi đáng kể các đặc tính lý, hĩa và sinh học của đất (García-Orenes et al., 2013) [79]. Các hoạt động làm đất cĩ thể làm giảm sự đa dạng của vi sinh vật đất do phá hủy cơ học, đất bị nén chặt, giảm thể
tích mao quản, làm mất nước và làm gián đoạn việc tiếp cận nguồn thức ăn của vi sinh vật. Ngồi ra, sử dụng thuốc hĩa học quá mức để trừ dịch hại cũng cĩ thể
và chuyển hĩa của vi sinh vật, cũng như sự đa dạng của vi sinh vật cĩ thể thay đổi do sự thay đổi tổng thể trong cấu trúc hệ sinh thái nơng nghiệp. Bên cạnh đĩ, các biện pháp kỹ thuật canh tác làm thay đổi số lượng, chất lượng cũng như sự
phân bố theo khơng gian của tàn dư thực vật trong đất, thơng qua sự thay đổi các chất dinh dưỡng và các yếu tố đầu vào (Miliute et al., 2015) [140]. Tương tự như vậy, việc sử dụng phân khống hoặc phân hữu cơ cũng được ghi nhận cĩ ảnh hưởng khác nhau đến thành phần và sinh khối vi sinh vật (Zhong et al., 2010) [222]. Sự đa dạng vi sinh vật và hoạt động trao đổi chất tăng lên đáng kể trong đất cĩ sử dụng phân hữu cơ. Tuy nhiên, việc bĩn phân chuồng vào đất cĩ khả năng thay đổi thành phần của quần thể vi sinh vật nội sinh và gây hại mơi trường (Soupir
et al., 2006) [192].
Đa số vi khuẩn nội sinh thực vật là nội sinh khơng bắt buộc và ở một giai đoạn nào đĩ trong vịng đời, chúng cĩ thể tồn tại bên ngồi cây ký chủ (Hardoim et al., 2008) [93]. Những chủng vi khuẩn nội sinh này thường bắt nguồn từ đất, xâm nhiễm vào rễ của cây chủ và xâm chiếm gian bào. Vì vậy, cĩ thể giả định rằng cộng đồng vi sinh vật nội sinh là đại diện cho một tập con của quần thể vi sinh vật rộng hơn của vùng rễ và nĩ sẽ phản ánh sự khác biệt gây ra bởi các kỹ thuật canh tác đặc trưng cho cộng đồng vi sinh vật đất. Tuy nhiên, nghiên cứu về tác động của các kỹ thuật canh tác đối với biến động quần thể vi sinh vật đất chỉ giới hạn trong một số nghiên cứu. Các vi khuẩn nội sinh Acetobacter diazotrophicus cĩ khả năng cố định đạm đã được chứng minh là giảm đáng kể mật độ bên trong cây mía khi được bĩn phân với hàm lượng đạm cao (Fuentes‐Ramıreźet al., 1999) [75]. Phân tích thành phần vi khuẩn nội sinh rễ cây ngơ ở vườn được xử lý bằng thuốc diệt cỏ và các loại phân bĩn khác nhau cho thấy sự khác nhau về thành phần và mật độ vi khuẩn nội sinh rễ cây ngơ ở vườn sử dụng phân vơ cơ khác với vườn trồng bằng phân hữu cơ (Seghers et al., 2004) [179]. Ở những vườn cĩ sử dụng phân hữu cơ, mật độ
vi khuẩn nội sinh thường cao hơn so với ở vườn sử dụng phân vơ cơ (Seghers
et al., 2004) [179]. Trong khi đĩ, ảnh hưởng của việc xử lý thuốc diệt cỏ đến thành phần vi khuẩn nội sinh khơng đáng kể. Các nghiên cứu này khơng cho thấy liệu sự
bĩn hoặc các kỹ thuật canh tác cĩ ảnh hưởng trực tiếp đến cộng đồng nội sinh rễ. Tuy nhiên, một nghiên cứu khác chứng minh rằng việc xử lý chitin vào đất dẫn đến sự thay đổi các quần thể vi khuẩn trong rễ, vùng rễ và đất trồng bơng vải (Hallmann
et al., 1999) [90].