Thứ nhất, quy mô đầu tư cho một hộ còn thấp.
Do nguồn vốn còn hạn chế, chủ yếu dựa vào nguồn vốn trung ương, một mặt do năng lực thẩm định của cán bộ còn chưa tốt, chưa đánh giá được đúng mức cho vay nên mặc dù mức cho vay tối đa một số chương trình được nâng lên (mức cho vay tối đa đối với hộ nghèo, hộ cận nghèo, hộ mới thoát nghèo là 100 triệu đồng/ hộ, giải quyết việc làm là 100 triệu đồng/ lao động, NSVSMT là 20 triệu đồng/ hộ/ 2 công trình, HSSV là 12,5 triệu đồng/ học kỳ/ HSSV…) nhưng dư nợ bình quân/hộ vẫn ở mức thấp, chỉ đạt 29,6 triệu đồng/ hộ năm 2020, chưa đáp ứng được nhu cầu của hộ vay, điều này đã phần nào tác động làm hạn chế hiệu quả vốn vay.
Thứ hai, dư nợ cho vay hộ nghèo, hộ cận nghèo, HSSV giảm dần.
Dư nợ cho vay hộ nghèo, hộ cận nghèo, HSSV giảm dần ua các năm và thường không đạt kế hoạch được giao từ đầu năm. Đến cuối năm ngân hàng phải điều chỉnh kế hoạch từ hộ nghèo, hộ cận nghèo, HSSV sang các chương trình cho vay khác.
Thứ ba, tỷ lệ nợ quá hạn tăng dần qua các năm.
Tỷ lệ nợ quá hạn năm 2020 là 0,198% trên tổng dư nợ, tuy là vẫn nằm ở mức thấp so với trung bình của toàn hệ thống (0,21%) nhưng lại có xu hướng tăng dần ua các năm. Tỷ lệ nợ quá hạn tăng đồng nghĩa với tỷ lệ nguồn vốn
ưu đãi được quay vòng vốn giảm, ảnh hưởng tới việc tăng trưởng dư nợ cho vay ủy thác.
Thứ tư, dư nợ cho vay ủy thác chênh lệch lớn giữa các Hội đoàn thể.
Dư nợ nhận ủy thác tập trung chủ yếu vào HPN và HND. Năm 2020, nguồn vốn ủy thác qua HPN là lớn nhất, chiếm 53,38% tổng dư nợ ủy thác, tiếp theo là HND chiếm 28,79% tổng dư nợ ủy thác; HCCB và ĐTN chỉ chiếm tỷ lệ nhỏ, lần lượt là 12,7% và 5,13%. Sự chênh lệch lớn một phần do Hội Phụ nữ và Hội Nông dân có lực lượng hội viên đông đảo nhất trong xã hội, có nhiều kinh nghiệm trong uản lý vốn c ng như kinh nghiệm làm ăn; một phần cho thấy sự phối hợp giữa NHCSXH và HCCB, ĐTN còn chưa tích cực, chưa chặt chẽ, chưa phát huy được hết khả năng, tiềm lực của 2 Hội này.