Thứ nhất, Mỹ là nước nhập khẩu thủy sản hàng đầu trên thế giới nên
thu hút được hàng hóa của nhiều nước. Do vậy, mức độ cạnh tranh hàng thủy sản xuất khẩu trên thị trường này là hết sức gay gắt. Trong cuộc cạnh tranh này, các doanh nghiệp Việt Nam chịu nhiều thiệt thòi do xuất hiện sau hơn
các nước khác trên thị trường Mỹ, phải đối mặt với nhiều nước có khả năng xuất khẩu lớn và có ưu thế vượt trội trong sản xuất và xuất khẩu thủy sản sang thị trường Mỹ. Chi phí vận tải và bảo hiểm của hàng thủy sản xuất khẩu từ Việt Nam sang Mỹ chiếm tỷ trọng lớn trong giá thành sản phẩm và làm giá thành sản phẩm tăng cao. Chi phí vận tải cao và thời gian vận tải dài làm giảm khả năng cạnh tranh của hàng thủy sản xuất khẩu, làm chất lượng sản phẩm giảm, tỷ lệ hao hụt tăng. Chi phí kho tàng, bến bãi của Việt Nam cao hơn so với các nước trong khu vực. Các hàng hóa xuất, nhập khẩu giao nhận tại các cảng biển, sân bay hiện nay phải chịu rất nhiều loại phí và lệ phí do đó làm hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam giảm sức cạnh tranh so với hàng các nước khác.
Kết cấu hạ tầng phục vụ hoạt động xuất khẩu như cảng biển, sân bay, đường giao thông, kho ngoại quan… của nước ta hiện nay còn thiếu, năng lực hoạt động thấp. Nhiều dịch vụ cơ bản hỗ trợ cho hoạt động xuất khẩu như điện, nước, thông tin liên lạc, dịch vụ hậu cần vẫn mang tính độc quyền cao, tính cạnh tranh thấp hoặc khả năng cung cấp dịch vụ còn yếu đã khiến chi phí của sản phẩm tăng và làm giảm khả năng cạnh tranh của hàng thủy sản xuất khẩu. Giá nước sạch tại Việt Nam hiện nay là 25-30 cent/m3, trong khi giá của Trung Quốc là 13 cents. Tương tự như vậy, chi phí cho việc tiêu dùng điện của Việt Nam hiện nay vào khoảng 7 cents/kwh, cao hơn của Trung Quốc (4,8 - 6 cents/kwh) và nhiều loại chi phí khác như phí thuê đất, phí dịch vụ viễn thông. ở Việt Nam hiện nay cũng cao hơn Trung Quốc và các nước trong khu vực. Những hạn chế đó làm giảm sức cạnh tranh của hàng hóa xuất khẩu Việt Nam, trong đó có hàng thủy sản.
Thứ hai, việc bảo hộ của Nhà nước Mỹ đối với ngành thủy sản trong
nước diễn ra dưới nhiều hình thức tinh vi, do vậy làm tăng mức độ không bình đẳng trong cạnh tranh giữa hàng thủy sản nhập khẩu từ các nước, trong đó có Việt Nam. Với yêu cầu hạ thấp mức thuế nhập khẩu thủy sản của WTO cũng như các nước trong tiến trình hội nhập kinh tế quốc tế, thủy sản Việt
Nam sẽ phải cạnh tranh gay gắt với các sản phẩm của các nước Thái Lan, Trung Quốc và cả với hàng thủy sản của Mỹ vốn đã hưởng rất nhiều ưu đãi của Chính phủ Mỹ. Đến nay Việt Nam vẫn chưa được hưởng mức thuế ưu đãi phổ cập (GSP) của Mỹ dành cho các nước đang phát triển do vậy cũng làm giảm sức cạnh tranh đối với hàng thủy sản xuất khẩu vì những nước này đều có cơ cấu mặt hàng thủy sản xuất khẩu tương tự như Việt Nam. Việt Nam chưa phải là thành viên của WTO cho nên các tranh chấp thương mại giữa Việt Nam và Mỹ đều phải giải quyết theo cơ chế song phương và bị áp đặt điều tra so sánh thông qua nước thứ ba. Tất cả những vấn đề trên đã đặt hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam thứvào thế bất lợi hơn so với các nước khác.
Thứ ba, Mỹ là một thị trường có yêu cầu rất khắt khe về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm và ngày càng có xu hướng nâng cao tiêu chuẩn đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm dưới nhiều hình thức. Các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam phải tuân theo những tiêu chuẩn hết sức nghiêm ngặt của Mỹ như chỉ tiêu về dư lượng kháng sinh, dư lượng thuốc trừ sâu, độc tố sinh học... Từ năm 2003, Mỹ đã giới hạn dư lượng kháng sinh cho phép trong các sản phẩm thủy sản xuất khẩu sang thị trường Mỹ là 0,3ppb (0,3 phần tỷ). Ngoài ra, một loạt những biện pháp quản lý khác của FDA về vệ sinh an toàn thực phẩm sẽ áp dụng trong năm 2006 và các năm tới sẽ ảnh hưởng đến các doanh nghiệp sản xuất, chế biến và xuất khẩu của Việt Nam như việc FDA yêu cầu các nhà chế biến thực phẩm kể từ ngày 1/1/2006 phải liệt kê ghi nhãn thành phần chứa protein xuất xứ từ thủy sản, sữa, trứng… nếu không thực hiện sẽ bị thu giữ hoặc việc năm 2006, FDA sẽ tiến hành kiểm tra dư lượng kháng sinh trong 950 mẫu thủy sản kể cả thủy sản trong nước và nhập khẩu tăng gần 420 mẫu so với năm 2005 [21, tr. 6].
Để đáp ứng những yêu cầu về hàng rào kỹ thuật của Mỹ, ngành thủy sản Việt Nam đã thực hiện kiểm soát từng công đoạn của quá trình sản xuất
nhưng mới chỉ làm tốt ở khâu chế biến còn các khâu khác như khu vực sản xuất nguyên liệu và bảo quản sau thu hoạch chưa kiểm soát chặt chẽ.Tình trạng tiêm chích tạp chất các sản phẩm xuất khẩu hiện vẫn diễn ra ở nhiều nơi. Việc sử dụng thuốc kháng sinh trong nuôi trồng, bảo quản nguyên liệu còn chưa được kiểm soát tốt. Yêu cầu về truy xuất sản phẩm là một thách thức đối với các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam. Đặc biệt, việc liên tục bị phát hiện dư lượng kháng sinh và hóa chất là nguy cơ đe dọa đến uy tín của thủy sản xuất khẩu Việt Nam. Vào tháng 8-2005, 3 tiểu bang miền Nam nước Mỹ đã ra lệnh tạm ngưng bán các sản phẩm cá basa và một số sản phẩm thủy sản nhập khẩu từ Việt Nam vì phát hiện có Fluoroquinolone. Sau một thời gian kiểm tra, bang Alabama cấm bán hầu hết các sản phẩm nhập khẩu từ Việt Nam vì kết quả kiểm tra 21 lô hàng cho thấy có đến 19 lô mang dấu vết của thuốc kháng sinh. Mới đây nhất, giữa tháng 1/2006, chuỗi nhà hàng Darden Restaurant của Mỹ đã trở thành Công ty đầu tiên yêu cầu các nhà cung cấp tôm phải có giấy chứng nhận áp dụng chương trình nuôi trồng thủy sản theo phương pháp tốt nhất. Việc tập đoàn Darden, một tập đoàn với hàng trăm nhà hàng trải khắp nước Mỹ yêu cầu các nhà cung cấp tôm phải có giấy chứng nhận này của GAA khiến cho các doanh nghiệp XKTS Việt Nam rất lo ngại vì sợ rằng sẽ có phản ứng dây chuyền cho các tập đoàn và công ty khác ở thị trường Mỹ [21, tr. 5].
Thứ tư, công nghệ bảo quản các sản phẩm thủy sản của nước ta hiện
nay còn lạc hậu, làm ảnh hưởng đến chất lượng và tỷ lệ nguyên liệu đưa vào chế biến xuất khẩu. Giá thành nguyên liệu đầu vào thường cao hơn so với các nước trong khu vực. Với diễn biến về giá và xu hướng tiêu dùng như hiện nay thì xuất khẩu dưới dạng sơ chế và đông block sẽ có hiệu quả thấp. Đây là thách thức và ảnh hưởng đáng kể đến khả năng duy trì và tăng cường xuất khẩu của các doanh nghiệp vừa và nhỏ, chưa đầu tư công nghệ và thiết bị mới. Quy mô các trại nuôi thủy sản quá nhỏ, việc tổ chức liên kết lại và quản
lý xuyên suốt quá trình sản xuất, tiêu thụ và việc áp dụng công nghệ mới trong nuôi thủy sản còn nhiều bất cập là những thách thức lớn trước yêu cầu đòi hỏi ngày càng cao về chất lượng, an toàn vệ sinh của thị trường Mỹ.