Cụng tác tụ̉ chức điờ̀u hành thõ̉m định dự án có ảnh hưởng lớn đờ́n chṍt lượng thõ̉m định dự án bởi nó ảnh hưởng tới tinh thõ̀n làm viợ̀c, ý thức trách nhiợ̀m của từng cán bụ̣ thõ̉m định. Thực tờ́ cho thṍy dù xõy dựng được mụ̣t quy trình thõ̉m định hợp lý mà cụng tác tụ̉ chức điờ̀u hành thõ̉m định khụng khoa học, chặt chẽ thì kờ́t quả thõ̉m định cũng khụng cao. Do đó hoàn thiợ̀n
cụng tác này là viợ̀c làm cõ̀n thiờ́t đụ́i với các Ngõn hàng thương mại nói chung và Ngõn hàng cụng thương Phúc Yờn nói riờng.
Trước hờ́t, Ngõn hàng phải thành lọ̃p mụ̣t phòng chuyờn trách vờ̀ thõ̉m định dự án đõ̀u tư. Trong đó cơ cṍu tụ̉ chức gụ̀m: mụ̣t trưởng phòng và các cán bụ̣ thõ̉m định. Phòng thõ̉m định phải tách riờng khỏi phòng tín dụng. Tuyờ̉n chọn cán bụ̣ thõ̉m định có nghiợ̀p vụ giỏi và chuyờn sõu. Chuyờn mụn hoá cụng tác thõ̉m định vờ̀ hình thức và quy trình. Khi có phòng thõ̉m định riờng thì sụ́ lượng cán bụ̣ thõ̉m định sẽ tăng lờn đảm bảo san sẻ cụng viợ̀c trong quá trình thõ̉m định, giúp cho chṍt lượng thõ̉m định được nõng lờn.
Viợ̀c thõ̉m định dự án đõ̀u tư cõ̀n phải được tiờ́n hành dưới hình thức tọ̃p thờ̉. Các báo cáo thõ̉m định đưa ra sẽ được xem xét lại và chỉ có hiợ̀u lực khi được thụng qua bởi hụ̣i đụ̀ng thõ̉m định của Ngõn hàng. Đụ̀ng thời Ngõn hàng cõ̀n gắn trách nhiợ̀m của các cán bụ̣ thõ̉m định với phõ̀n cụng viợ̀c mà họ đảm nhọ̃n và với những kờ́t luọ̃n thõ̉m định mà họ đưa ra nhằm giảm thiờ̉u rủi ro đạo đức trong cụng tác thõ̉m định. Ngõn hàng cõ̀n kiờ̉m tra, kiờ̉m soát trong nụ̣i bụ̣ thường xuyờn theo định kỳ nhṍt định đờ̉ phát hiợ̀n kịp thời các sai sót đụ́i với từng cán bụ̣ thõ̉m định, từ đó rút kinh nghiợ̀m cho từng cán bụ̣ thõ̉m định và có biợ̀n pháp xử lý kịp thời các sai sót đó. Khi kiờ̉m tra cõ̀n tọ̃p trung vào viợ̀c tính toán các chỉ tiờu tài chính và viợ̀c tuõn thủ các quy định của pháp luọ̃t vờ̀ quản lý tài chính doanh nghiợ̀p, quản lý Ngõn hàng trong quá trình thõ̉m định dự án đõ̀u tư của các cán bụ̣ Ngõn hàng.