Bên cạnh những thành tựu rất đáng mừng, tại chi nhánh vẫn còn có những hạn chế đối với hoạt đông tín dụng XNK
Thứ nhất, quy mô của hoạt động tín dụng nói chung và tín dụng XNK còn nhỏ bé, chưa tương xứng với tiểm lực của một chi nhánh cấp 1. Việc tài trợ chủ yếu tập trung ở hoạt động nhập khẩu do đó nguồn ngoại tệ thu về không bền vững.
Thứ hai, tín dụng XNK của chi nhánh chủ yếu là tín dụng ngắn hạn chiếm tới trên 90%. Việc cho vay trung và dài hạn để mở rộng năng lực sản xuất hàng xuất khẩu và hiện đại hóa công nghệ chưa được chi nhánh quan tâm đúng mức nên doanh số cho vay còn rất nhỏ. Điều này ảnh hưởng đến tính ổn định của dư nợ.
Thứ ba, các hình thức tín dụng XNK đang thực hiện ở chi nhánh còn khá đơn điệu, chủ yếu là cho vay trong khuôn khổ tín dụng chứng từ. Hoạt động bảo lãnh nước ngoài còn quá nhỏ bé mới chỉ dừng lại ở bảo lãnh theo L/C, bao thanh toán quốc tế hẩu như không có doanh số.
Thứ tư, chi nhánh chưa có sự đa dạng hóa trong danh mục các ngành hàng tài trợ. Dư nợ tín dụng NK của chi nhánh chủ yếu tài trợ cho nhập khẩu máy móc thiết bị, phương tiện vận tải, sắt thép; dư nợ tín dụng XK chủ yếu là xuất khẩu chè và hàng thủy sản. Do đó tiềm ẩn rủi ro rất cao khi những ngành hàng này gặp khó khăn, điều này được thể hiện ở dư nợ quá hạn đột ngột tăng cao của chi nhánh trong năm 2008.
Thứ năm, tỷ lệ nợ quá hạn tín dụng XNK trong năm 2006 và 2007 tại chi nhánh rất thấp, nhưng với tốc độ tăng trưởng quá nhanh trong thời gian qua thì tất yếu dẫn đến tăng trưởng nóng và phát sinh nợ quá hạn. Chính vì thế mà trong năm 2008, khi tình hình kinh tế trong nước và thế giới gặp rất nhiều khó khăn thì tỷ lệ nợ quá hạn của chi nhánh đã đột ngột tăng rất cao.
Ngoài ra, quy định trình thẩm định trước khi vay vốn còn khá rườm rà, phức tạp. Với chính sách tín dụng nội bộ thắt chặt trong năm 2008 thì các doanh nghiệp cũ và mới nhìn chung rất khó khăn để tiếp xúc với nguồn vốn ngân hàng. Tỷ lệ vay vốn thế chấp bằng hàng hóa chiếm tỷ trọng cao, trong khi chi nhánh không được cho vay thế chấp bằng hàng hóa, thế chấp hàng hóa lưu kho, cho vay tín chấp tài trợ xuất khẩu, bao thanh toán và đều phải trình vào ban tín dụng hội sở. Thẩm quyền phán quyết của chi nhánh quá thấp so với quy mô dư nợ và độ lớn của các doanh nghiệp đang có dư nợ hiện hành tại chi nhánh cho nên việc cấp tín dụng mất khá nhiều thời gian.