Bên cạnh những tác động tích cực, các công ty xuyên quốc gia cũng có những ảnh hưởng tiêu cực đến nền kinh tế Việt Nam. Mục tiêu của các
công ty xuyên quốc gia là lợi nhuận, thị phần, doanh số, ưu thế cạnh tranh và phát triển ổn định. Nó thường xuyên mâu thuẫn với mục tiêu của chiến lược chung về phát triển kinh tế xã hội của nhà nước ta là tăng trưởng đồng đều, cao và bền vững. Theo mục tiêu của mình, các
công ty xuyên quốc gia thường lựa chọn và quyết định dự án đầu tư vào nơi mà họ cho là có thị trường, bảo toàn được vốn và thu được lợi nhuận. Do đó không phải ngẫu nhiên mà các dự án 100% vốn đầu tư của họ lại thường tập trung vào các trung tâm lớn. Sự tập trung đầu tư của các công ty xuyên quốc gia vào một số vùng luôn mâu thuẫn với chính sách phát triển đồng đều giữa các địa phương. Các công ty xuyên quốc gia thường chú trọng tham gia vào các lĩnh vực ở những ngành có tỷ suất lợi nhuận cao. Đó là các ngành khai thác dầu khí, công nghiệp chế biến như điện tử, dệt may, giày dép với mức lợi nhuận thường đạt khoảng 40 – 60%. Những lĩnh vực sản xuất máy móc thiết bị hoặc chế biến nông, lâm, thuỷ sản thờng yêu cầu đầu tư dài hạn, chuyển vốn chậm, lãi suất thấp đã không thu hút được nhiều dự án đầu tư trực tiếp nớc ngoài.
Ngoài ra, một số công ty xuyên quốc gia lạm dụng các ưu thế về
ượng khai khống thiết bị và công nghệ để tính tăng giá đầu vào, đánh tụt giá xuất khẩu để định giá thấp đầu ra do bản thân các công ty xuyên quốc gia là kẻ chủ động nắm cả đầu ra và đầu vào đã trở nên phổ biến, khiến cho các liên doanh thua lỗ, giải thể.
Một hiện tượng khác là các công ty xuyên quốc gia trước khi xin cấp giấy phép đầu tư thường lên án gay gắt chính sách của Việt Nam là nặng nề bảo hộ, có phân biệt đối xử, khép kín và thay thế nhập khẩu là chủ yếu. Nhng khi đã được cấp giấy phép đầu tư, đặc biệt là sau khi sản phẩm đã bắt đầu được bán trên thị trường nội địa hoặc xuất khẩu, hơn ai hết, họ là những người đòi bảo hộ mạnh mẽ nhất. Họ đang muốn hướng tới độc quyền – một điều ngày càng xa lạ trong nền kinh tế tự do hoá. Việt Nam phải cảnh giác với những biểu hiện này không phải chỉ ở những yêu sách trực tiếp của các công ty xuyên quốc gia mà hơn hết, phải cảnh giác với sự liên kết của các công ty xuyên quốc gia với các doanh nghiệp trong nước vốn là doanh nghiệp nhà nước để hình thành nên cạnh tranh độc quyền nhóm người bán.