Để tiện cho việc lãnh đạo đât nớc và giúp các Bộ điều hành nhanh chóng công việc. Lê Thánh Tông còn đặt ra nhiều cơ quan chuyên môn vừa giúp các Bộ nhng độc lập không lệ thuộc vào các Bộ. Các cơ quan chuyên môn bao gồm: Thông Chính ti, Quốc Tử giám, Quốc sử viện, các cơ quan chuyên về nông nghiệp.
2.2.3.1. Thông chính ti
Là cơ quan giúp việc truyền đặt công văn, dụ chỉ của triều đình tới dân gian và truyền đệ đơn từ của “thần dân” lên triều đình. Đứng đầu Thông chính ti là Thông chính sứ hàng tòng tứ phẩm có phó Thông chính hàng tòng ngũ phẩm giúp việc.
2.2.3.2. Quốc tử giám
Đây là cơ quan giáo dục cao nhất của nhà nớc quân chủ. Quốc tử giám có nhiệm vụ trông coi văn miếu (Miếu thờ Khổng Tử đợc xây dựng từ thời Lý, năm 1070); rèn tập sĩ tử, hàng tháng theo đúng kỳ cho tập làm văn để gây dựng nhân tài, giúp việc cho đất nớc. Mặc dù Quốc tử giám chỉ là một cơ quan nhỏ trong chính quyền quân chủ nhng có ảnh hởng lớn tới đời sống cũng nh sự hng thịnh của triều đại. Quốc tử giám đợc xây dựng t thời Lý (1076) với nhiệm vụ ban đầu là dạy học cho các Hoàng tử và con cái gia đình Hoàng tộc. Những ngời “trị nhậm” Quốc tử giám phải là những ngời có “đức cao vọng trọng”, “tài học uyên thâm” đợc “ngời đời” “kính nể”. Đến thời Lê, với nhu cầu tuyển dụng quan lại thông qua thi cử, giảm lệ tập ấm và đặc biệt là vai trò của Nho giáo đợc nhà nớc chú trọng, đề cao. Nho giáo trở thành đạo giáo chính thống trong hệ t tởng chính trị của nhà nớc. Quốc tử giám là nơi đào tạo cuối cùng, nơi chọn lựa các “anh tài” cho đất nớc. Sĩ tử học ở Quốc tử giám đợc mở rộng về đối tợng và số đông đợc tuyển từ kỳ thi Hơng, thi Hội. Quốc tử giám do Quốc tử giám Tế Tửu đứng đầu; thứ đến là Quốc tử giám t nghiệp, có những lúc cả hai chức ấy đều do một ngời nắm giữ. Tiếp
theo là chức Ngũ kinh Bác sĩ, mỗi một “Bác sĩ” chuyên nghiên cứu một loại kinh để dạy học trò. Sau cùng là Giáo thụ giảng dạy các kinh sách.
2.2.3.3. Quốc sử viện
Là cơ quan trông coi về sử, có nhiệm vụ ghi chép, biên soạn sử sách, phàm nhà Vua nói gì, làm gì trong cung, a chuộng những gì; các quan ngay hay gian, chính hay tà, nhân tài hơn kém, phong tục tốt xấu đều đợc theo dõi, ghi chép từng việc thẳng thắn để lu lại làm gơng. Từ xa, ngời chép sử phải có khí tiết, thẳng thắn tôn trọng sự thực. Do vậy, đã có nhiều tấm gơng sáng chống lại những mu toan bẻ cong sự thực mà phải “bỏ mạng”, lu lại khí tiết cho muôn đời. Đứng đầu Quốc sử viện là Quốc sử viện tu soạn, thứ đến là Sử quán Biên lục.
Bên cạnh những cơ quan chuyên môn trên đây, để tiện cho việc trị nuớc và giúp việc cho các Bộ, Lê Thánh Tông còn thành lập các cơ quan chuyên môn về nông nghiệp. Nông nghiệp là nền kinh tế chủ đạo của đất nớc do đó rất đợc coi trọng và chăm lo. Các cơ quan chuyên môn về nông nghiệp bao gồm: Sở đồn điền (trông coi về ruộng đất, xác định các loại ruộng tốt xấu, thực hiện công tác thuỷ lợi); Sở tàm tang (trông coi về trồng dâu nuôi tằm); Sở thực thái (trông coi về trồng rau); Sở điền mục (trông coi về việc chăn nuôi súc vật). Các Sở này thờng do quan sở sứ đứng đầu, có phó sứ giúp việc. Để tăng cờng sản xuất nông nghiệp Vua Lê Thánh Tông còn đặt ra chức khuyến nông sứ và Hà đê sứ để khuyên răn dân chú trọng vào nghề nông và giữ gìn đê điều.