Sau khi chiếm được các nước Đông Nam Á để thống trị và tiến hành khai thác thuộc địa có hiệu quả các nước thuộc địa thực dân phương Tây đã tiến hành xây dựng bộ máy cai trị của mình. Trong quá trình xâm lược Inđônêxia thực dân Hà Lan cũng từng bước xây dựng quyền thống trị của mình trên quốc gia nghìn đảo này. Trong thời gian đầu xâm chiếm thực dân Hà Lan không trực tiếp cai trị Inđônêxia mà đã gián tiếp đặt quyền cai trị Inđônêxia thông qua công ty Đông Ấn Hà Lan được chúng lập ra đầu thế kỉ XVII.
Hà Lan không phải nước đầu tiên xâm chiếm Inđônêxia mà trước đó hai nước tư bản Bồ Đào Nha và Tây Ban Nha đã đến đây. Nhưng hai thực dân đến trước mới chỉ thiết lập được các trạm buôn bán hay xây dựng các chốt cơ sở nhằm thuận lợi cho việc mua bán hương liệu của chúng chứ chưa hề đặt hệ thống cai trị của mình trên đất của Inđônêxia. Sự có mặt của Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha chỉ như một sự lướt qua trên bờ biển Inđônêxia để cho bọn thực dân Hà Lan đến sau nhưng đã dùng vũ lực, những mánh khoé xảo quyệt loại bỏ vai trò của các nước này, từ đó trở thành tên thực dân lớn mạnh nhất ở Inđônêxia và bắt đầu cho quá trình thống trị của mình ở đây.
Sau khi tìm được con đường sang phương Đông, chinh phục Inđônêxia đã có rất nhiều công ty thương mại của Hà Lan sang đây buôn bán. Tuy nhiên do hoạt động phân tán, không có kế hoạch chung nên hiệu quả mang về mặc dù rất đáng kể nhưng không phải là tuyệt đối. Mặt khác, do các công ty hoạt
động phân tán nên không có đủ vốn sắm những thuyền lớn có trang bị hiện đại để cạnh trạnh với những thương thuyền có trang bị vũ trang của Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha. Trước tình trạng này, để tăng thêm hiệu quả của công cuộc chinh phục buôn bán và cạnh tranh quyền làm chủ ở Inđônêxia với các đối thủ khác, Hà Lan đã quyết định tập hợp các công ty nhỏ thành một công ty lớn để có thể cạnh tranh với các công ty khác. Kết quả của việc này là Hà Lan đã quyết định thành lập một công ty liên hợp Đông Ấn hay còn gọi là tổng công ty Đông Ấn (Vqreenideast-Indish Compaginie) gọi tắt là V.O.C vào ngày 20/03/1602, với số vốn ban đầu là 6.440.000 đồng Hà Lan.
Với sự thành lập của công ty V.O.C chính phủ Hà Lan hy vọng sẽ đạt được mục đích là thu lợi nhuận to lớn và nắm được độc quyền mua bán chiếm lĩnh đất đai làm cứ điểm ở Inđônêxia. Công ty Đông Ấn ra đời dựa trên sự thoả hiệp của các công ty hiện hành, nó có chủ quyền nhưng lại có quan hệ chặt chẽ với chính phủ Hà Lan. Được chính phủ Hà Lan uỷ thác về mặt thuộc địa, được quyền đại diện cho chính phủ Hà Lan kí kết hiệp ước với nước ngoài, tuyên bố và tiến hành chiến tranh, có thể xây đồn luỹ, tổ chức cai trị, tổ chức quân đội và tư pháp riêng. Nói chung quyền hạn của công ty V.O.C như một nhà nước. Phạm vi hoạt động và có quyền lực của công ty là từ Mũi Hảo Vọng đến khu vực Đông Ấn và Đông Nam châu Mĩ. Chính phủ Hà Lan đã giao cho công ty nắm độc quyền và bóc lột nhân dân Inđônêxia suốt trong hai thế kỉ.
Ngay từ khi thành lập và được chính phủ Hà Lan uỷ thác thuộc địa ở Inđônêxia, công ty Đông Ấn Hà đã thực hiện chức năng của mình. Công ty đã áp dụng nhiều hình thức chính sách cai trị khác nhau.
Ở giai đoạn đầu thế kỉ XVII, công ty Đông Ấn (V.O.C) chưa chú ý đến vấn đề quản lí chính trị mà chỉ chú ý đến việc mở rộng phạm vi chiếm đóng. Với việc chiếm một số cứ điểm có ý nghĩa về mặt quân sự trên bờ biển để
dựng lên các thương điếm phục vụ cho chính sách thu gom hương liệu đồ gia vị hay các đặc sản địa phương qua con đường mua bán. Lúc này, công ty V.O.C chủ yếu dùng sức mạnh vũ trang để bắt ép các tiểu quốc kí những hiệp ước bất bình đẳng từ đó thiết lập quyền thống trị của mình trên các quần đảo Inđônêxia.
Đầu tiên, công ty V.O.C đặt quan hệ với Inđônêxia thông qua việc mua bán với những lãnh chúa địa phương, song tham vọng độc quyền con đường buôn bán hương liệu tới châu Âu đã thúc đẩy bọn Hà Lan dùng vũ lực để ép các lãnh chúa ở đây phải kí với chúng những hiệp ước bất bình đẳng nô dịch với thực dân. Theo đó các lãnh chúa địa phương phải giao nạp cho chúng những hương liệu quí như đậu khấu, đinh hương theo giá của công ty qui định. Những lãnh chúa mà không theo chúng lập tức bị chúng dùng vũ lực trấn áp hoặc phế truất.
Năm 1609, công ty V.O.C tấn công các pháo đài của Bồ Đào Nha ở Ambon, buộc Bồ Đào Nha phải rút khỏi Ambon và bọn Hà Lan chiếm luôn đảo này. Bọn công ty Đông Ấn Hà đã ép buộc các xã thôn ở đây phải thừa nhận độc quyền của công ty cùng quyền tôn chủ của người Hà Lan. Sau đó, công ty đã chiếm đóng những vùng quan trọng khác và độc chiếm luôn hòn đảo hương liệu này.
Sau khi đặt được những cơ sở vững chắc của mình trên quần đảo Inđônêxia như Ambon, Banđa và kí được những hiệp ước hữu nghị với nhà vua các địa phương, Công ty Đông Ấn Hà đã tổ chức lại cơ cấu bộ máy cai trị của mình ở Inđônêxia nhằm mục đích có thể tăng cường và phối hợp tất cả các hoạt động của công ty trên quốc đảo này.
Hội đồng quản trị công ty gồm 17 người đã trao quyền phụ trách chung các thương điếm pháo đài, các lực lượng hải, lục quân thuộc về công ty cho một tên toàn quyền. Tên toàn quyền này có quyền lực tối ở Inđônêxia và phải
chịu trách nhiệm trước hội đồng 17 người mà ông ta đại diện. Tên toàn quyền đầu tiên được chỉ định ở Inđônêxia là Pittor-Bót nhiệm kì từ (1610-1614). Ông ta đã đặt cơ sở cho một nền cai trị sơ giản với bộ máy cai trị gồm: một tổng thư kí, một hội đồng Đông Ấn (nhưng hoàn toàn mang tính chất tư vấn) và một tham biện ở mỗi thương điếm, giúp việc cho tham biện có phó tham biện là người địa phương.
Từ 1618, trách nhiệm toàn quyền được chuyển sang tay tên toàn quyền là Cun (Jan Piterzoon Coes). Ông ta chủ trương: thương mại ở Inđônêxia là nhu cần thiết cho sự thịnh vượng của công ty và tư bản của Hà Lan. Nhằm mục đích ấy, Cun đã chủ trương chiếm đóng một vài lãnh thổ đưa kiều dân Hà Lan đến khai thác buôn bán.
Ngay từ khi đến Inđônêxia, Cun đã thấy tình hình ở đây bất ổn sự thống trị của công ty Đông Ấn đang bị nhân dân chống lại (ở Môlucơ nhân dân đang đấu tranh chống lại những yêu sách của công ty, ở Giava quân đội và nhà vua đảo Mataram tấn công và phá huỷ các thương điểm của Hà Lan, ở Bantam bọn chúng đang phải đình đốn việc thu mua hương liệu). Tình hình khó khăn ấy đã khiến ông ta phải dùng biện pháp mạnh – sử dụng vũ trang để đàn áp các vương quốc và ép buộc các lãnh chúa kí các hiệp ước thuộc địa.
Năm 1619, Cun đã thương lượng với vương quốc Dacatơra để xây dựng một pháo đài và một thương điếm ở đây nhưng không được vương quốc này chấp nhận. Cun đã dùng lực lượng quân đội trấn áp, ngày 28 tháng 5 năm 1619 Cun đã đem 18 chiếc thuyền cùng 1000 quân đội Hà Lan từ Môlucơ đến Dacatơra đến giải phóng và thiêu huỷ thành phố Dacatơra và đổi tên thành phố này thành Batavita (tức Giacacta ngày nay). Bọn chúng đã tổ chức một bộ máy cai trị ở thành phố này, đưa 1.200 quân đội đến để trấn áp những dân đại phương nếu có âm mưa nổi loạn. Xây dựng tường thành sát biển về phía nội địa. Nhân dân trong vương quốc bị tập trung đi lao động ở các cảng như bốc
rỡ hàng hoá hay làm việc trong trang trại, ruộng đất trong vùng bị bỏ hoang, rừng mọc lên rậm rạp, phần lớn nhân dân trong đảo bị thiếu ăn. Bọn công ty Đông Ấn đã biến thành phố này thành trung tâm ăn cướp, tập trung hàng hoá của bọn chúng.
Trong thời gian này, mục đích của công ty V.O.C là tìm cách đặt chân vững chắc trên các đảo chính của Inđônêxia. Bọn công ty Đông Ấn đã không từ một thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình. Lúc thì đục khoét mâu thuẫn giữa các vương quốc, lúc lại giúp vua chúa của các vương quốc địa phương trấn áp phong trào của nông dân và các lực lượng chống đối từ đó khống chế các vương quốc đó, khi thì dùng vũ lực hay những thủ đoạn lừa lọc để chiếm các cứ điểm quan trọng trên quần đảo Inđônêxia.
Bộ mặt xảo quyệt đó còn thể hiện với cả đồng bọn ăn cướp của chúng: năm 1619 công ty Hà Lan và Anh kí một hiệp ước thoả hiệp nhằm thực hiện hiện một thứ cộng đồng Anh – Hà Lan để khai thác Inđônêxia. Theo đó công ty Anh sẽ tham gia 1/3 vào việc buôn bán ở những đảo có hương liệu, còn với hồ tiêu thì có quyền lợi ngang với công ty Hà Lan. Cun chỉ áp dụng hiệp ước đó trong chừng mực nào nhất định có lợi cho tư bản Hà Lan. Một mặt lợi dụng sự giúp đỡ của Anh chiếm các pháo đài của người Bồ Đào Nha. Mặt khác lại tìm mọi cách loại bỏ sự có mặt của người Anh. Viện cớ có âm mưa lật đổ bọn công ty Đông Ấn đã bắt bớ tra tấn 19 người ngoại quốc trong đó có 9 người Anh tạo nên vụ “tàn sát ở Ambon” khiến cho người Anh phải rút khỏi các đảo Banđa và Batavita. Hay như việc, để chiếm được đảo Môlucơ bọn chúng đã mua chuộc tổng đốc người Bồ Đào Nha để có thể đem quân đến vùng đất này, nhưng khi tổng đốc Bồ Đào Nha cho chúng vào thành phố thì bọn chúng liền bắt và giết luôn tên tổng đốc này và tàn sát hết những người Bồ Đào Nha trên đảo, cướp đi tất cả những cái của họ. Giống như Mác đã viết: “Lịch sử việc cai trị của người Hà Lan và nước Hà Lan ở thế kỉ XVIII, là
một nước tư bản điển hình – là bức tranh miêu tả những sự sát hại, phản trắc sa đọa và đê tiện, không thời nào sánh kịp ”.
Bọn công ty Đông Ấn còn cho phép kiều dân người Hoa và người Hà Lan đến Inđônêxia làm ăn lập cơ sở kinh tế, đồn điền nhưng cho một số quyền lợi nhằm mục đích củng cố thêm cơ sở cho sự cai trị của mình và đôi khi thúc đẩy những mâu thuẫn của nhân dân Inđônêxia về phía người Hoa kiều.
Điểm thực chất trong chính sách cai trị của công ty Đông Ấn V.O.C đó là chính sách vừa xâm lược vừa bình định. Chúng luôn tích cực mở rộng vùng chiếm đóng và khi đã chiếm được những vùng đất đó rồi ngay lập tức chúng sẽ đưa quân đội đến đây trấn áp sự chống lại của nhân dân và bắt các lãnh chúa phải phục tùng. Chúng sử dụng luôn bộ máy chính chính quyền địa phương cũ, dựa vào lực lượng quí tộc, lãnh chúa địa phương (mà chúng đã mua chuộc, khuất phục được) để làm công cụ bóc lột nhân dân trong vương quốc theo ý đồ của chúng. Bọn vua chúa trở thành lực lượng tay sai của chúng vừa sống trên sự bóc lột, cống nạp của nhân dân lại hưởng thêm những khoản hối lộ, đút lót của bọn thực dân, cuộc sống giàu có đã khiến chúng gắn chặt với bọn thực dân.
Vậy là, suốt gần 2 thế kỉ tồn tại công ty Đông Ấn Hà Lan ở Inđônêxia (một công ty lớn nhất thế giới lúc đó và có những hoạt động mang tính toàn cầu) đã chấm dứt sự tồn tại của mình. Suốt 2 thế kỉ, công ty đã hoạt động như một quốc gia có chủ quyền riêng ở Inđônêxia và đặt xong nền móng cho khu vực thuộc địa lớn ở Hà Lan. Nhưng sự thống trị của công ty này đã không mang lại được gì cho Inđônêxia ngoài chết chóc và tàn phá. Tất cả những chính sách ấy chỉ hướng tới mục đích tối thượng duy nhất đó là khai thác và vơ vét được thật nhiều tiền của của nhân dân Inđônêxia.