Trước thời kì thực dân, ở Inđônêxia đã có một nền thủ công tương đối phát triển. Người nông dân sau khi xong mùa màng họ bắt tay vào những công việc như sản xuất công cụ lao động làm gốm xứ, đóng tàu thuyền đánh cá, hay nghề dệt tơ lụa, vải hoa ở Giava…. Tuy nhiên, tất cả những hoạt động này chỉ dừng lại ở quy mô nhỏ lẻ mức hộ gia đình hoặc những nhóm nhỏ và ở trình độ thủ công, chưa có nhà máy và kỹ thuật sản xuất bằng máy móc cũng chưa được áp dụng. Sự lạc hậu trong nền kinh tế, cũng như sự bảo thủ của chính quyền phong kiến là yếu tố lớn nhất gây nên sự kém phát triển này. Một số ngành thủ công nghiệp của Inđônêxia có phần phát triển bởi vị trí địa lý và thuận lợi về mặt tài nguyên. Ngay từ thời cổ đại đã có những hoạt động buôn bán với người nước ngoài. Đến trước khi thực dân sang xâm chiếm, nền công thương nghiệp đã phát triển ở những vùng hải cảng như ở Giava, eo Malacca ở Xumatora…. Batavia đã được xây dựng thành một cảng trung tâm, nơi nhiều tầu thuyền các nước tới buôn bán, bốc dỡ vận chuyển hàng hóa trao đổi với các nước. Tuy nhiên, chính sách của nhà nước phong kiến đã không tạo điều kiện cho các hoạt động này phát triển, hoạt động thương mại chủ yếu do nhà nước nắm độc quyền, các hình thức khác bị chính quyền phong kiến đánh thuế cao hoặc có những chính sách cản trở nên không phát triển được.
Đến nửa sau của thế kỉ XIX đầu thế kỉ XX trở đi, những hoạt động thủ công nghiệp, thương nghiệp Inđônêxia có những biến đổi theo hướng tư bản chủ nghĩa một cách sâu sắc. Những xí nghiệp – nhà máy đã xuất hiện cùng
với đó là sự trang bị những dây chuyền sản xuất bằng máy móc thay cho sức lao động của con người.
Bọn thực dân phươngTây vì muốn khai thác triệt để nguồn tài nguyên của thuộc địa đã đầu tư vào xây dựng các nhà máy – xí nghiệp, đưa hàng hóa tư bản của mình thị trường thuộc địa làm tan dã các truyền thống và tập quán gia trưởng của người dân bản xứ. Những yếu tố tư bản chủ nghĩa xâm nhập ngày càng nhiều vào nền kinh tế Inđônêxia, những xưởng công nghiệp chế biến nông phẩm, các nhà máy xay lúa xưởng chế biến cao su, chè… những nhà máy liên hiệp chè và cao su, xưởng sàng cà phê, nhà máy đường. Bên cạnh đó người ta thành lập những ngành công nghiệp nhẹ để sản xuất hàng tiêu dùng, phục vụ cho nhu cầu tại chỗ như: bông, xà phòng, giấy, xì gà, thuốc lá, bia, mỡ thực vật, giầy dép, thuốc nhuộm, xăm lốp xe đạp, nông cụ…. Những nhà máy hiện đại thường tập trung ở tây Giava, nhất là ở Batavia, Bangdang, Buytendooc, Teegan.
Đầu thế kỉ XX, người HaLan bắt đầu khai thác khoáng sản ở Hà Lan nên đã đầu tư những xí nghiệp, hầm mỏ khai thác ở Bangca (nơi có trữ lượng thiếc lớn nhất ở Inđônêxia). Từ 1905, chính phủ Hà Lan ở Inđônêxia đã thực hiện chính sách mở cửa nền kinh tế cho tư bản các nước vào đầu tư ở Indonesia thì nền công nghiệp đã có bước phát triển hơn được hiện đại hóa, cơ giới hóa rất nhiều. Các công ty độc quyền đã được đầu tư thành lập ứng dụng những dây chuyền máy móc sản xuất từ khâu khai thác đến khi thành phẩm như: công ty Đêli (Đêli maatschapij) đã đầu tư một dây truyền chuyên môn hóa sản xuất thuốc là và cao su đã độc quyền chi phối 30 đồn điền thuốc lá và cao su ở Inđônêxia …
Từ đầu thế kỉ XX, thực dân phương Tây đã đầu tư khai thác các loại khoáng sản mới như dầu hỏa, than sắt, kẽm…. Vậy nên, chúng đã cho xây dựng rất nhiều xí nghiệp công nghiệp khai thác khoáng sản ở các khu vực
hầm mỏ. Ngành khai thác ở Inđônêxia được mở rộng. Nó còn có xu hướng kết hợp lại với nhau nhằm tạo điều kiện tốt nhất để khai thác. Năm 1883, công ty dầu lửa Hoàng Hà của Hà Lan sát nhập với công ty Anh – shell thành công ty Hoàng Hà - shell độc quyền khai thác dầu mỏ ở Inđônêxia năm 1914, công ty này đã kiểm soát 94% dầu hỏa của Inđônêxia.
Sự biến đổi trong ngành kinh tế công thương nghiệp không chỉ thể hiện ở việc xuất hiện nhiều nhà máy - xí nghiệp hay đầu tư máy móc trong sản xuất mà nó còn dược biểu hiện thông qua sự thay đổi của lượng vốn tư bản đầu tư của các nước vào Inđônêxia ngày càng tăng. Năm 1900, tổng số tư bản đầu tư ở Inđônêxia là 750 triệu ghiudo, đến 1915 là 1.500 triệu, đến những năm giữa thế kỉ XX con số đó đã lên 46.000 triệu ghiudo (Hà Lan) …. Mức đầu tư tư bản ngày càng tăng chứng tỏ ngành công nghiệp đang rất được chú ý mở rộng. Tất cả đều nhằm hướng sản xuất của Inđônêxia vào quỹ đạo của kinh tế TBCN, khai thác nhiên - nguyên liệu phục vụ sản xuất trong nước và của bọn tư bản nước ngoài.
Sự xâm nhập kinh tế của chủ nghĩa thực dân còn dẫn đến một biến đổi theo xu hướng phá vỡ các ngành thủ công nghiệp truyền thống của Inđônêxia. Sự du nhập các mặt hàng của thực dân đã làm cho hàng hóa ở trong nước sản xuất bằng thủ công không thể cạnh tranh được. Tiêu biểu nhất trong số này là nghề dệt vải thủ công ở Inđônêxia đã không thể tồn tại. Trước đây, nghề dệt vải Bantich và làm tơ lụa của nhân dân Inđônêxia rất nổi tiếng là thế mạnh của nước này nay đã không còn đủ khả năng cạnh tranh với hàng dệt công nghiệp mà Hà Lan đưa sang. Hàng dệt của Hà Lan đã chiếm phần lớn hàng hóa trên thị trường của Inđônêxia. Các nghề thủ công khác của nhân dân từ trước cũng không có điều kiện để phát triển (có thể do chính sách thuế quan hoặc bị cấm ép), một số nghề thủ công còn có thể tồn tại được là do người dân quá nghèo không đủ tiền để mua hàng nhập nên phải tự sản xuất để sử dụng.
Dưới tác động của chủ nghĩa thực dân thì sự độc quyền buôn bán của nhà nước chuyên chế cũng đã dần mất đi thay vào đó là các hoạt động buôn bán của thành phần kinh tế tư nhân ngày càng tăng. Các công ty, đồn điền của tư nhân người bản địa và người nước ngoài ngày càng tăng lên lấn át sự độc quyền của nhà nước.
Mạng lưới giao thông vận tải cũng đã thay đổi khác trước, bọn tư bản phương Tây để phục vụ tốt hơn cho công cuộc khai thác nguồn nguyên liệu đã đầu tư xây dựng những tuyến giao thông đường bộ và đường sắt. Năm 1806, tuyến đường bộ dài hơn 1.000 km nối liền từ Tây Giava sang đông Giava đã được xây dựng, rút ngắn khoảng cách đi lại giữa hai vùng xuống còn từ 6 - 7 ngày. Mọi hoạt động vận chuyển, đi lại đều đều thuận lợi. Các tuyến đường sắt cũng được mở nối liền các thành phố lớn với nhau, nối các vùng nguyên liệu và nơi sản xuất. Năm 1872, hai tuyến đường sắt từ Batavia đi Băngđung và tuyến đường từ Semerang đi Suracacta được hoàn thành. Những đoạn đường ngắn từ Susaybaya đi Pasusuan, từ Sasacacta đi Moogiohecta hay từ Bawngdung đi Giogiacacta cũng khẩn trương được xây dựng và hoàn thành. Thay cho phương tiện thô sơ thì các loại máy móc vận tải kéo đã được sử dụng trong đi lại và vận chuyển ở Inđônêxia.
Như vậy, trong bối cảnh mới chịu sự tác động của chủ nghĩa thực dân, nền kinh tế của Inđônêxia đã có những thay đổi biến chuyển theo hướng phá vỡ các ngành kinh tế truyền thống và hoạt động thủ công trong sản xuất thay vào đó là việc tăng dần các yếu tố tư bản chủ nghĩa. Nền kinh tế Indonexia tiến những bước đi đầu tiên trên con đường phát triển của TBCN (những biến chuyển đó có thể mang lại lợi ích cho nhân dân Inđônêxia hoặc không bởi sự biến đổi đó chỉ nhằm vào mục đích khai thác của bọn thực dân chứ không vì mục đích phát triển của nhân dân bản xứ, hoặc sự đầu tư đó đã làm mất cân
đối trong phát triển vùng miền). Một cơ cấu kinh tế nhiều thành phần đã dần được hình thành và thay thế cho kinh tế một thành phần như truyền thống.
Tất cả những biến chuyển đó, ở mỗi phương diện lại được nhìn nhận dưới những góc độ khác nhau nhưng chúng ta có thể thấy rằng, sự biến chuyển đó chính là bước chuyển tiếp giai đoạn quá độ làm cơ sở đưa nền kinh tế Inđônêxia từ lạc hậu đi đến hòa nhập với nền kinh tế theo cơ chế thị trường. Những chính sách cai trị và bóc lột của chủ nghĩa thực dân không chỉ gây ra những biến đổi về mặt kinh tế mà nó còn kéo theo cả những biến chuyển căn bản về mặt chính trị - xã hội ở Inđônêxia.